<div dir="ltr">Hello All,<div>I'm receiving a RepeatMasker on some (not all) of my scaffolds. </div><div>





<p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1"><i>Widget::RepeatMasker:</i></span></p>
<p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1"><i>cd /tmp/maker_7hGhhm; /scratch/exe/RepeatMasker/RepeatMasker /scratch/bin/or_test3.maker.output/or_test3_datastore/E3/2F/scaffold2852_size18614//theVoid.scaffold2852_size18614/0/scaffold2852_size18614.0.all.rb -species all -dir /scratch/bin/or_test3.maker.output/or_test3_datastore/E3/2F/scaffold2852_size18614//theVoid.scaffold2852_size18614/0 -pa 2</i></span></p>
<p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1"><i>#-------------------------------#</i></span></p>
<p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1"><i>ERROR: RepeatMasker failed</i></span></p>
<p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1"><i>--> rank=NA, hostname=82853d8df2a5</i></span></p>
<p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1"><i>ERROR: Failed while doing repeat masking</i></span></p>
<p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1"><i>ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:1</i></span></p>
<p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1">FAILED CONTIG:scaffold2852_size18614</span></p>
<p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1"><i>ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0</i></span></p>
<p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1"><i>FAILED CONTIG:scaffold2852_size18614</i></span></p>
<p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1"><i>examining contents of the fasta file and run log</i></span></p><p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1"><i><br></i></span></p><p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1">I'm not sure if there is an issue with the widget itself, as this doesn't come up for all the scaffolds and the example data seemed to run fine, or a problem with these particular scaffolds. Thanks for any assistance you can provide!</span></p><p class="inbox-inbox-p1">Best,</p><p class="inbox-inbox-p1"><span class="inbox-inbox-s1">Z</span></p></div></div>