<div dir="ltr"><div>Hello:<br></div><div><br></div><div>We are doing genome annotation for a new rodent species. We have finished the training of the ab initio gene predictors successful by setting the following parameters (split_hit=40000, max_dna_len=1000000, and 99k mammalian Swiss protein sequences as evidences. <br></div><div><br></div><div>But when I used the trained model to do the genome annotation, I got the following kinds of errors (shown in red). I used the same parameters as those for training, except for addition of 340k rodent TrEMBL protein sequences for protein evidences (i.e., I use both 99k mammalian Swiss protein sequences and 340k rodent TrEMBL protein sequences). <br></div><div><br></div><div>I am doing the annotation on a cluster and started multiple Maker in the same directory (I had tried to use MPI but met some problems).  <br></div><div><br></div><div>Do you have any suggestions? Many thanks<br></div><div>








<span style="font-size:20pt;font-family:Calibri;color:black"></span><span style="font-size:20pt;font-family:Calibri;color:black"><span></span></span>#some kinds of errors<br></div><div><span style="color:rgb(255,0,0)">open3: fork failed: Cannot allocate memory at /gs/gsfs0/hpc01/apps/MAKER/2.31.9/bin/../lib/Widget/<a href="http://blastx.pm">blastx.pm</a> line 40.<br>--> rank=NA, hostname=n520<br>ERROR: Failed while doing blastx of proteins<br>ERROR: Chunk failed at level:8, tier_type:3<br>FAILED CONTIG:Contig2<br><br><br>setting up GFF3 output and fasta chunks<br>doing repeat masking<br>Can't kill a non-numeric process ID at /gs/gsfs0/hpc01/apps/MAKER/2.31.9/bin/../lib/File/NFSLock.pm line 1050.<br>--> rank=NA, hostname=n513<br>ERROR: Failed while doing repeat masking<br>ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:1<br>FAILED CONTIG:Contig12378</span></div><div><span style="color:rgb(255,0,0)"><br></span></div><div><br></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)">Best</span></div><div><span style="color:rgb(255,0,0)"><span style="color:rgb(0,0,0)">Quanwei</span><br></span></div></div>