<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hi,<br></div>I have been annotating a fungal genome as usual, using Busco-trained Augustus (in addition to GeneMark and SNAP), but for some reason, Augustus is predicting a mere 207 genes compared to 15-20k from the other two.<br></div>I've never had this problem. The genome has an unusual repeat content close to 50%, not sure if that might suppose a problem.<br></div>Has anybody come up with any similar issue?<br></div>I also asked to Busco developers if they have any idea <a href="https://gitlab.com/ezlab/busco/issues/49">https://gitlab.com/ezlab/busco/issues/49</a><br></div>Cheers,<br></div>Xabi<br clear="all"><div><div><div><div><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>NSW Systems Biology Initiative<br>School of Biotechnology and Biomolecular Sciences<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div></div></div>