<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear Carson:<br><br></div>We have generated species specific repeat library following your pipeline (<a href="http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Repeat_Library_Construction--Basic">http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Repeat_Library_Construction--Basic</a>). And did genome annotation by maker2 by using both species specific repeat library and mammalian repeat library. <br><br></div>Now, we want to do some comparison about the repeat contexts among different species. So I want to generate species specific for other species and also use both their species specific repeat library and mammalian repeat library. But I found, I can only provide either the species specific repeat library or mammalian repeat library to RepeatMasker (not for both). I wonder whether I can run maker2 on those genome but only for repeat masking. <br><br></div>BTW, by running RepeatMasker we can get a summary report (as below), I wonder whether there is any script from maker2 to analyze repeats element (or other tools to process the output of maker2). <br><br></div>Many thanks<br><span style="color:rgb(0,0,255)"><br><br>file name: test_scaffold31.fasta    <br>sequences:             1<br>total length:     863590 bp  (858757 bp excl N/X-runs)<br>GC level:         37.02 %<br>bases masked:     301634 bp ( 34.93 %)<br>==================================================<br>               number of      length   percentage<br>               elements*    occupied  of sequence<br>--------------------------------------------------<br>SINEs:               134        14362 bp    1.66 %<br>      Alu/B1          28         2183 bp    0.25 %<br>      MIRs            21         2860 bp    0.33 %<br><br>LINEs:               188       129104 bp   14.95 %<br>      LINE1          168       124633 bp   14.43 %<br>      LINE2           16         4266 bp    0.49 %<br>      L3/CR1           4          205 bp    0.02 %<br>      RTE              0            0 bp    0.00 %<br><br>LTR elements:        127       101129 bp   11.71 %<br>      ERVL            10         3057 bp    0.35 %<br>      ERVL-MaLRs      22         6902 bp    0.80 %<br>      ERV_classI      66        80258 bp    9.29 %<br>      ERV_classII     29        10912 bp    1.26 %<br><br>DNA elements:         27         4402 bp    0.51 %<br>      hAT-Charlie     13         1836 bp    0.21 %<br>      TcMar-Tigger     8         1651 bp    0.19 %<br><br>Unclassified:          4         1590 bp    0.18 %<br><br>Total interspersed repeats:    250587 bp   29.02 %<br><br><br>Small RNA:             9          616 bp    0.07 %<br><br>Satellites:           66        40820 bp    4.73 %<br>Simple repeats:      159         7235 bp    0.84 %<br>Low complexity:       50         2766 bp    0.32 %<br>==================================================<br><br>* most repeats fragmented by insertions or deletions<br>  have been counted as one element<br>                                                      <br><br>The query species was assumed to be mammalia      <br>RepeatMasker Combined Database: Dfam_Consensus-20170127, RepBase-20170127<br>        <br>run with rmblastn version 2.2.27+</span> <br></div>