
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">If ab initio predictors and evidence alignments aren’t in high concordance, then EVM won’t produce results. This often indicates minor sequencing errors in the assembly (this is very common in draft assemblies). Ab initio predictors will slightly alter splicing and extend introns/exons to make a model work around these variations, but doing this does not always concord well with the alignment, so EVM produces nothing. In these cases it is often better just to train the predictor as well as you can, and then take the standard MAKER results.<div class=""><br class=""></div><div class="">—Carson</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Sep 19, 2017, at 11:23 AM, Tuan Duong Anh <<a href="mailto:tuanduonganh@gmail.com" class="">tuanduonganh@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class="">Dear MAKER-devel group<div class=""><br class=""></div><div class="">I have been testing out MAKER3 beta version and found out that EVM always returns much less number of models. Did any one experience this before? I do expect that EVM will return less models when compare to other, but not to this extend (only 20% of the expected gene models). Any suggestion would be much appreciated.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">## Number of models obtained by each gene predictors:</div><div class=""><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(213, 59, 211);" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">HLIG.all.maker.augustus_masked.proteins.fasta</span><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures;color:rgb(51,187,200)" class="">:</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">11224</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(213, 59, 211);" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">HLIG.all.maker.evm.proteins.fasta</span><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures;color:rgb(51,187,200)" class="">:</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">1974</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(213, 59, 211);" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">HLIG.all.maker.genemark.proteins.fasta</span><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures;color:rgb(51,187,200)" class="">:</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">11352</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(213, 59, 211);" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">HLIG.all.maker.proteins.fasta</span><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures;color:rgb(51,187,200)" class="">:</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">13672</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; color: rgb(213, 59, 211);" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">HLIG.all.maker.snap_masked.proteins.fasta</span><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures;color:rgb(51,187,200)" class="">:</span><span style="font-variant-ligatures: no-common-ligatures;" class="">13404</span></div></div><div class=""><br class=""></div><div class="">## maker_evm.ctl</div><div class=""><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">#-----Transcript weights</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmtrans=10 #default weight for source unspecified est/alt_est alignments</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmtrans:blastn=0 #weight for blastn sourced alignments</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmtrans:est2genome=10 #weight for est2genome sourced alignments</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmtrans:tblastx=0 #weight for tblastx sourced alignments</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmtrans:cdna2genome=7 #weight for cdna2genome sourced alignments</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; min-height: 13px;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class=""></span><br class=""></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">#-----Protein weights</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmprot=10 #default weight for source unspecified protein alignments</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmprot:blastx=2 #weight for blastx sourced alignments</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmprot:protein2genome=10 #weight for protein2genome sourced alignments</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo; min-height: 13px;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class=""></span><br class=""></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">#-----Abinitio Prediction weights</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmab=10 #default weight for source unspecified ab initio predictions</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmab:snap=7 #weight for snap sourced predictions</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmab:augustus=10 #weight for augustus sourced predictions</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmab:fgenesh=10 #weight for fgenesh sourced predictions</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class="">evmab:genemark=10 #weight for genemark sourced predictions</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><br class=""></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class=""><br class=""></span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">Regards,</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">Tuan</div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class=""><br class=""></span></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class=""><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures" class=""><br class=""></span></div></div></div>

_______________________________________________<br class="">maker-devel mailing list<br class=""><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" class="">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br class="">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></div></div></body></html>