<div dir="ltr"><div><div><div>Thank you Daniel. I wonder whether there is a suggested value for the “min_protein" parameter (e.g., 20 amino acid, 50 amino acid?), that people often use. I am studying a rodent species. <br><br></div>Thank you.<br><br></div>Best<br></div>Quanwei<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-09-19 8:29 GMT-04:00 Daniel Ence <span dir="ltr"><<a href="mailto:dandence@gmail.com" target="_blank">dandence@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Quanwei,<br>
<br>
Increasing the “min_protein" parameter should get ride of those very short predicted proteins.<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
> On Sep 19, 2017, at 12:14 AM, Quanwei Zhang <<a href="mailto:qwzhang0601@gmail.com">qwzhang0601@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hello:<br>
><br>
> I am working on a rodent species and get 28k annotated genes, I wonder whether you have any suggestions about the "min_protein" parameter?<br>
><br>
> I did not change the parameter in my current annotation. I get several very short predicted proteins (even those with only 1 amino acid).<br>
><br>
> min_protein=0 #require at least this many amino acids in predicted proteins<br>
><br>
> Thanks<br>
><br>
> Best<br>
> Quanwei<br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_________________<br>
> maker-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br>
> <a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div>