<div style="font-family: "lucida Grande", Verdana, "Microsoft YaHei";"><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;">Dear Guys,<o:p></o:p></p></div><div style="font-family: "lucida Grande", Verdana, "Microsoft YaHei";"><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;"><o:p> </o:p></p></div><div style="font-family: "lucida Grande", Verdana, "Microsoft YaHei";"><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;">I am using Maker to annotate my genome sequence. However, it costs too much time.<o:p></o:p></p></div><div style="font-family: "lucida Grande", Verdana, "Microsoft YaHei";"><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;">By default, Maker use Blastn and Exonerate to align EST or assembled transcripts to the genome.<o:p></o:p></p></div><div style="font-family: "lucida Grande", Verdana, "Microsoft YaHei";"><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;">I am wondering if I can use GMAP to align the assembled transcripts to the genome and then provide the<o:p></o:p></p></div><div style="font-family: "lucida Grande", Verdana, "Microsoft YaHei";"><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;">alignment to Maker. If so, this may save much time, as GMAP is very fast.</p><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;"><br></p></div><div style="font-family: "lucida Grande", Verdana, "Microsoft YaHei";"><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;">Thanks!<o:p></o:p></p></div><div style="font-family: "lucida Grande", Verdana, "Microsoft YaHei";"><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;"><o:p> </o:p></p></div><div style="font-family: "lucida Grande", Verdana, "Microsoft YaHei";"><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;">Best regards,<o:p></o:p></p></div><div style="font-family: "lucida Grande", Verdana, "Microsoft YaHei";"><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;"><o:p> </o:p></p></div><div style="font-family: "lucida Grande", Verdana, "Microsoft YaHei";"><p class="MsoNormal" style="line-height: 23.8px;">Wen Yao</p></div>