<div dir="ltr"><div><div>Thanks for your explanation.<br><br></div>Best<br></div>Quanwei<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-10-04 22:43 GMT-04:00 Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">eAED can be better for edge cases, but neither is perfect. Low AED generally correlates with better models. But a high AED does not mean the model doesn’t exist, it just means you should spend a little more time deciding if you really believe it or not.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div></font></span><div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">—Carson</font></span><div><div class="h5"><br><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On Oct 4, 2017, at 8:38 PM, Carson Holt <<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_1468669699369855993Apple-interchange-newline"><div><div style="word-wrap:break-word">The previous linked comment explains in detail —> <a href="https://groups.google.com/forum/#!msg/maker-devel/wtmNRtRa-ko/iC4KTuIitGEJ" target="_blank">https://groups.google.com/f<wbr>orum/#!msg/maker-devel/wtmNRtR<wbr>a-ko/iC4KTuIitGEJ</a><div><br></div><div>Basically the middle support of exon is inferred from edge support even though no overlap exists (so eAED infers support and AED does not).</div><div><br></div><div>—Carson</div><div><br></div><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On Oct 4, 2017, at 8:35 PM, Quanwei Zhang <<a href="mailto:qwzhang0601@gmail.com" target="_blank">qwzhang0601@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_1468669699369855993Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr"><div><div><div>Thank you all.  Most time, the AED is equal to or lower than eAED, but there are some genes whose eAED is smaller than AED. I feel the eAED is more stringent than AED. Would you give me an example, under what condition eAED can be smaller than AED?<br><br></div>The default maker2 gene set includes all genes with AED less than 1.  Do you think eAED is a better choice to filter gene models than AED? <br><br></div>Best<br></div>Quanwei<br><div><div><br><div> <br></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-10-04 18:39 GMT-04:00 Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">This one is an even better explanation than the answer I just gave. Thank you.<span class="m_1468669699369855993HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>—Carson</div></font></span><div><div class="m_1468669699369855993h5"><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On Oct 4, 2017, at 4:35 PM, Xabier Vázquez-Campos <<a href="mailto:xvazquezc@gmail.com" target="_blank">xvazquezc@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_1468669699369855993m_2206316325980755148Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr">Carson commented on this here<br><a href="https://groups.google.com/forum/#!msg/maker-devel/wtmNRtRa-ko/iC4KTuIitGEJ" target="_blank">https://groups.google.com/foru<wbr>m/#!msg/maker-devel/wtmNRtRa-<wbr>ko/iC4KTuIitGEJ</a><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 5 October 2017 at 09:31, Quanwei Zhang <span dir="ltr"><<a href="mailto:qwzhang0601@gmail.com" target="_blank">qwzhang0601@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hello:<br><br></div>I ran the maker2 pipeline and got the default gene sets (with AED<1). But I found there are several hundred genes with eAED 1. <br><br>Below is an example, the gene has AED 0.05 and eAED 1. I wonder what can be the reason of the great difference between AED and eAED. For this gene it has a very low AED score, is it still a reliable gene model if its eAED equals 1?  <br><div><div><br>>maker-Contig2656-snap-gene-26<wbr>9.6-mRNA-1 protein AED:0.05 eAED:1.00 QI:75|0|0|1|0|0|2|111|35<br></div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Best</div><span class="m_1468669699369855993m_2206316325980755148HOEnZb"><font color="#888888"><div>Quanwei<br></div></font></span></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.co<wbr>m</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mai<wbr>lman/listinfo/maker-devel_yand<wbr>ell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="m_1468669699369855993m_2206316325980755148gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>NSW Systems Biology Initiative<br>School of Biotechnology and Biomolecular Sciences<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
______________________________<wbr>_________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.co<wbr>m</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mai<wbr>lman/listinfo/maker-devel_yand<wbr>ell-lab.org</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>
</div></blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>