
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class="">Hi <span style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">MAKER users</span>,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I take advantage to this mailing list to share a tool that I hope will be useful for MAKER's users. One of the steps once we are happy of our wonderful annotation is to submit it to the public archives through one of the three INSDC databases (EMBL-EBI / NCBI / DDBJ).</div><div class="">We developed EMBLmyGFF3, allowing to easily convert any kind of GFF3 annotation to the EMBL flat file format in order to submit to the European Nucleotide Archive (ENA) Database that is part of EMBL-EBI.</div><div class="">It works well, amongst others, with the MAKER annotation output. We hope the tool will ease the submission process of your annotations.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">You will find it here:</div><div class=""><b class=""><a href="https://github.com/NBISweden/EMBLmyGFF3" class="">https://github.com/NBISweden/EMBLmyGFF3</a></b></div><div class=""><br class=""></div><div class="">A typical usage case will look like that (where ERSXXXXXX and PRJXXXXXX are the accession number and the project ID provided by EMBL-EBI prior to any submission):</div><div class=""><span style="color: rgb(106, 115, 125); font-family: -apple-system, BlinkMacSystemFont, 'Segoe UI', Helvetica, Arial, sans-serif, 'Apple Color Emoji', 'Segoe UI Emoji', 'Segoe UI Symbol'; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">./EMBLmyGFF3.py maker.gff3 maker.fa --data_class STD --topology linear --molecule_type 'genomic DNA' --table 1 --species 'Drosophila melanogaster (fly)' --taxonomy INV --accession ERSXXXXXXX --project_id PRJXXXXXXX --rg MYGROUP -o result.embl</span></div><div class=""><br class=""></div>Best regards,<div class=""><br class=""><div apple-content-edited="true" class="">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class="">Jacques Dainat, PhD</div><div class="">---------------------------------------</div><div class="">NBIS (National Bioinformatics Infrastructure Sweden)</div><div class="">Genome Annotation Service</div><div class="">---------------------------------------</div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Uppsala University, Biomedicinska Centrum<br class="">Department of Medical Biochemistry Microbiology, Genomics</div><br class=""></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>

<br class=""></body></html>