<div dir="ltr">Hey MAKER people,<div><br></div><div>I would like to make a Venn diagram showing the kinds of evidence supporting gene models in my MAKER annotation where the left side shows number of genes with EST support only, the right side shows number of genes with protein support only, and the intersection shows number of genes with EST and protein support.</div><div><br></div><div>QI summary has:</div><div><br></div><div><div>Fraction of exons that overlap an EST alignment</div><div>Fraction of exons that overlap EST or Protein alignments</div></div><div><br></div><div>Please correct me if I'm wrong, because I am interpreting the first to be fraction of exons that overlap an EST alignment and possibly also a protein alignment. If that is the case then we can't calculate the number of genes that overlap only EST or (EST and protein) from the QI information.</div><div><br></div><div>Anyone have a way to do this or have a script to parse the MAKER GFF3 to get this?</div><div><br></div><div>Thanks!!!</div><div>Matt Simenc</div></div>