<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear Maker team<br><br></div>I am experiencing a problem while running maker and cannot find a solution to it online. <br><br></div>I am running maker on a new genome, using BRAKER trained models for Augustus and GeneMark. This was successful and performed as expected, except for one contig where an error was encountered. <br><br></div>This error occurs during Augustus and seems to have something to do with intron models. I have made sure that the input fasta does not contain characters other than ATCGN or contains "windows"/non-UNIX carriage returns. <br><br></div>I include the relevant portion of the log below. Could you help me determine the cause of this error.<br><br><br><br>setting up GFF3 output and fasta chunks<br>preparing ab-inits<br>running  augustus.<br>#--------- command -------------#<br>Widget::augustus:<br>/home/xxx/Desktop/programs/augustus-3.2.3/bin/augustus --species=Np_2017_braker --UTR=off /tmp/maker_bQo5Oc/NODE_1040_length_26483_cov_27%2E125137.abinit_masked.0 > /tmp/maker_bQo5Oc/NODE_1040_length_26483_cov_27%2E125137.abinit_masked.0.Np_2017_braker.augustus<br>#-------------------------------#<br>Sampling error in intron model. state=37 base=26570<br><br>/home/xxx/Desktop/programs/augustus-3.2.3/bin/augustus: ERROR<br>    Tried to sample from empty list.<br><br>Sampling error in intron model. state=37 base=26570<br><br>/home/xxx/Desktop/programs/augustus-3.2.3/bin/augustus: ERROR<br>    Tried to sample from empty list.<br><br>ERROR: Augustus failed<br>--> rank=NA, hostname=xxx-VirtualBox<br>ERROR: Failed while preparing ab-inits<br>ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:2<br>FAILED CONTIG:NODE_1040_length_26483_cov_27.125137<br><br>ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:NODE_1040_length_26483_cov_27.125137 <br><div><div><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><span>Regards <br>Jan Nagel<br>----------------------------------------------------------------------<br>PhD Genetics student<br>Department of Genetics<br>Forestry and Agricultural Biotechnology Institute (FABI) <br>FABI 1, Room 1-55<br>University of Pretoria<br>74 Lunnon Rd. Hillcrest<br>0002<br>Gauteng Province<br>South Africa<br><br>Email : <a href="mailto:jan.nagel@fabi.up.ac.za" target="_blank">jan.nagel@fabi.up.ac.za</a><br><br>Website: <a href="http://www.fabinet.up.ac.za/index.php/people-profile?profile=961" target="_blank">http://www.fabinet.up.ac.za/index.php/people-profile?profile=961</a></span></div></div>
</div></div></div></div></div></div>

<br>
<div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"><span style="font-size:10.0pt;line-height:105%;font-family:"Segoe UI",sans-serif">This message and attachments are subject to a disclaimer.<br>
Please refer to <a href="http://upnet.up.ac.za/services/it/documentation/docs/004167.pdf" target="_blank">http://upnet.up.ac.za/<wbr>services/it/documentation/<wbr>docs/004167.pdf</a> </span><span style="font-size:10pt;line-height:105%;font-family:Tahoma,sans-serif">for
full details.</span></div>