
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">

<p>Hello MAKER team,</p>

<p><br>

</p>

<p>I am hoping I could have a bit of your time if that isn't a problem. <span style="font-size: 12pt;">I am currently performing the advanced repeat library construction as described on the MAKER wiki, and everything appears to work as expected until I reach

 "2.1.5 Building examplars". At this point I encounter a problem previously documented in the Google group (title: <span>advanced repeat masking library constructions & rna-seq assembly choices) where the "<span>Inner_Seq_For_BLAST.fasta" and "<span>lLTRs_Seq_For_BLAST.fasta"

 are empty. I was hoping you could clarify what you meant by simplifying the sequence names. The genomic contig names are in a format such as "<span>>001676F" and I modified the MITE library to have names like ">mite1, >mite2" etc. </span></span></span></span></span><span style="font-size: 12pt;">The passed_outinner_sequence.fasta

 has sequence names such as ">000021F_(dbseq-nr_766)_[918983,922225]" which I have not tried changing since I suspect the name is important for later

</span>reassociation. If you could point me in the right direction that would be very appreciated.<span style="font-size: 12pt;"></span></p>

<p><br>

</p>

<p>Regards,</p>

<p>Zac.</p>

</div>

</body>

</html>