<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi Zac,<br></div>The contig names you indicate shouldn't give any problems. And if you changed the names of MITE.lib right after creation and before using it downstream, it shouldn't be an issue.</div><div><br></div>Have you confirmed if the prior blastx output has any results?<br><br></div>Also, be sure you use the same version of makeblastdb and blastx/blastn. I remember reading before running the protocol for first time that in some cases, switching versions could give problems.<br></div>And be careful if you copy/paste from the wiki page, there are a few typos and dashes instead of minus characters in the command line option flags, all of which will result in errors<br><br></div>Xabi<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 15 October 2017 at 16:02, ZACHARY STEWART <span dir="ltr"><<a href="mailto:z2.stewart@qut.edu.au" target="_blank">z2.stewart@qut.edu.au</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_4317198814381809853divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p>Hello MAKER team,</p>
<p><br>
</p>
<p>I am hoping I could have a bit of your time if that isn't a problem. <span style="font-size:12pt">I am currently performing the advanced repeat library construction as described on the MAKER wiki, and everything appears to work as expected until I reach
 "2.1.5 Building examplars". At this point I encounter a problem previously documented in the Google group (title: <span>advanced repeat masking library constructions & rna-seq assembly choices) where the "<span>Inner_Seq_For_BLAST.fasta" and "<span>lLTRs_Seq_For_BLAST.fasta"
 are empty. I was hoping you could clarify what you meant by simplifying the sequence names. The genomic contig names are in a format such as "<span>>001676F" and I modified the MITE library to have names like ">mite1, >mite2" etc. </span></span></span></span></span><span style="font-size:12pt">The passed_outinner_<wbr>sequence.fasta
 has sequence names such as ">000021F_(dbseq-nr_766)_[<wbr>918983,922225]" which I have not tried changing since I suspect the name is important for later
</span>reassociation. If you could point me in the right direction that would be very appreciated.<span style="font-size:12pt"></span></p>
<p><br>
</p>
<p>Regards,</p>
<p>Zac.</p>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>NSW Systems Biology Initiative<br>School of Biotechnology and Biomolecular Sciences<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>