<div dir="ltr"><div><div><div>Dear maker developers,<br><br></div>I am trying to install 
maker-3.01.1-beta but encountered the warning message about 
uninitialized value (see the warning message below) although still finished the installation. <br></div><div><br></div><div>[jxyue@paralog src]$ ./Build install<br>Building MAKER<br>Use of uninitialized value $line in chomp at /home/jxyue/Projects/LRSDAY/bu<wbr>ild/maker/src/../../../build/<wbr>cpanm/perlmods/lib/perl5/<wbr>Module/Build/Base.pm line 3082.<br>Use of uninitialized value $line in substitution (s///) at /home/jxyue/Projects/LRSDAY/bu<wbr>ild/maker/src/../../../build/<wbr>cpanm/perlmods/lib/perl5/<wbr>Module/Build/Base.pm line 3083.<br>Installing MAKER...<br>Building MAKER<br></div><div>...<br></div><div><br></div><div>Also, when I ran this installation for the actual work, it  reported errors about cannot find my specified snaphmm model for the annotation, despite that I have specified "snaphmm=$LRSDAY_HOME/data/<wbr>S288C.gene.hmm" in the "maker_opts.ctl" file and this configuration information has been successfully recognized by maker.<br></div><div><br></div><div><span style="color:rgb(0,0,255)">running  snap.<br>#--------- command -------------#<br>Widget::snap:<br>/home/jxyue/Projects/LRSDAY/build/SNAP/snap /home/jxyue/Projects/LRSDAY/data/S288C.gene.hmm /tmp/maker_m8TVEQ/chrI.abinit_masked.0 > /tmp/maker_m8TVEQ/chrI.abinit_masked.0.S288C%2Egene%2Ehmm.snap<br>#-------------------------------#<br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,255)"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,255)"><span style="color:rgb(255,0,0)"># (my comment: up to now everything looks fine)</span><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,255)">....<br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,255)"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,255)">running  snap.<br>#--------- command -------------#<br>Widget::snap:<br>/home/jxyue/Projects/LRSDAY/build/SNAP/snap -plus -xdef /tmp/maker_m8TVEQ/0/85_0.4044-4985.S288C.gene.hmm.auto_annotator.xdef.snap  S288C.gene.hmm /tmp<br>/maker_m8TVEQ/0/85_0.4044-4985.S288C.gene.hmm.auto_annotator.snap.fasta > /tmp/maker_m8TVEQ/0/85_0.4044-4985.S288C.gene.hmm.auto_annotator.snap<br>#-------------------------------#<br>ZOE ERROR (from /home/jxyue/Projects/LRSDAY/build/SNAP/snap): error opening file (/home/jxyue/Projects/LRSDAY/build/SNAP/Zoe/HMM/S288C.gene.hmm)<br>ZOE library version 2017-03-01<br>ERROR: Snap failed<br>--> rank=NA, hostname=<a href="http://paralog.itc.unipi.it">paralog.itc.unipi.it</a><br>ERROR: Failed while annotating transcripts<br>ERROR: Chunk failed at level:1, tier_type:4<br>FAILED CONTIG:chrI<br><br>ERROR: Chunk failed at level:6, tier_type:0<br>FAILED CONTIG:chrI<br><br>examining contents of the fasta file and run log<br><br></span></div><div><span style="color:rgb(255,0,0)"># (my comment: here the error occurred. As you can see, snap somehow forgot about the path to  my specified hmm file and instead looks for this file in its default installation location)</span><br></div><div><br></div><div>It is worth noting that the parallel installation and run with maker-3.00.0-beta finish smoothly without any problem. So I suspect both the installation warning and the executing error are caused by the changes during the version update from 3.00.0-beta to 3.01.1-beta.  Could you check about this issue? Thanks in advance!</div><div><br></div><div>Finally, is it possible to also provide access to older version of maker (e.g. 3.00.0-beta in this particular case) when the user finish the registration in the maker download page? This will help users to roll back to older version when needed.  Also this helps for the version control when other developers develop annotation pipelines that use maker as a dependency package. Thanks for the consideration!<br></div><br><div><br></div>Best,<br></div>Jia-Xing<br><br><div class="gmail_extra">-- <br><div class="gmail-m_-6020060013005032588gmail-m_-8102016935947154609gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(0,0,0)">Jia-Xing Yue <br><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)">Population Genomics and Complex Traits Group</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">Tour Pasteur 8eme etage</font></span><span style="color:rgb(0,0,0)"><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">Faculté de Médecine<br></font><span><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">Institute for Research on Cancer and Aging, Nice (IRCAN)</font></div><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">CNRS UMR 7284 - INSERM U 1081 - </font>Université Côte d’Azur (UCA)</div></span><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">28 Avenue de Valombrose</font></div><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">06107 NICE Cedex 2</font></div><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">France</font></div></span><br></div><div><div>Personal website: <a href="http://www.iamphioxus.org/" target="_blank">http://www.iamphioxus.org/</a><br><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>