<div>Dear guys,</div><div><br></div><div>Recently, I run maker to annotate a genome. I found that the transcript fasta file output by Maker contains "NNN". Is this normal?</div><div>If not, what's going on? Is this a bug of maker or my configuration of maker is not correct? </div><div>I told maker to use snap and augustus for de novo prediction and use exonerate to align ESTs and proteins.</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Wen Yao</div>