<html>

  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    <p>Hi folks,</p>

    <p>I would just like some insight into a recent round of MAKER

      annotation I performed and returned back 0 Finished contigs. <br>

    </p>

    <p>The genome is a white fly, which I successfully ran MAKER on

      initally with the first round of "Evidence in", so passing in EST

      evidence as aligned transcript gffs, protein homology evidence

      etc. The run was successful and produced a lot of good quality

      gene models</p>

    <p>

    </p>

    <div style="-en-clipboard:true;">Statistics:

    </div>

    <div>           24,613 genes with 49,547 transcripts containing

      141130 cds.<br>

      <br>

      Now, I know this count is very high for our species, so in the 2nd

      round (completed running over 1 night due to all contigs failing)

      I attempted to increase the threshold for support, by reducing AED

      to 0.7 from an initial 1. Prior to starting the second round I had

      trained SNAP on the first round results and also ran Augustus

      separately and  passed this via the snaphmm, pred_gff option.

      Finally I set min protein to be no less than 100Aa and set

      est2genome and prot2genome off to allow for gene model refinement.

      <br>

      <br>

      I checked the run today and all ~8,000 contigs/scaffolds returned

      as FAILED with all having tried to be retried once each. <br>

      <br>

      My initial feeling was, I feared I have just lost my initial set

      of 24,613 gene models. I know believe that this won't be the case

      but Im not sure... Can anyone explain what might have happened

      here and what consequences will follow given they all returned as

      failed ? Have they been deleted from the MAKER data store ? <br>

      <br>

      I had capturdD all 1st round MAKER output files (GFF, Fasta files

      etc) before attempting this 2nd round (i.e. 1st round of model

      training) of MAKER . <br>

      <br>

      If I have irrevocably changed the datastore for MAKER and lost

      those genes, might I be able to restore to an earlier point (say

      back to the first round of evidence in gene models) by passing the

      first MAKER gff in as "maker_gff=" / "pred_pass=1" /

      "model_pass=1" ? <br>

      <br>

      Any advice on this would be much appreciated<br>

      Lahcen<br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <br>

    </div>

  </body>

</html>