<div dir="ltr"><p>Apologies this message was sent earlier today from an incorrect email address so it was flagged for verification. </p><p>Hi folks,</p>
    <p>I would just like some insight into a recent round of MAKER
      annotation I performed and returned back 0 Finished contigs. <br>
    </p>
    <p>The genome is a white fly, which I successfully ran MAKE initially with the first round of "Evidence in", so passing in EST
      evidence as aligned transcript gffs, protein homology evidence
      etc. The run was successful and produced a lot of good quality
      gene models</p>
    <p>
    </p>
    <div>Statistics:
    </div>
    <div>           24,613 genes with 49,547 transcripts containing
      141130 cds.<br>
      <br>
      Now, I know this count is very high for our species, so in the 2nd
      round (completed running over 1 night due to all contigs failing)
      I attempted to increase the threshold for support, by reducing AED
      to 0.7 from an initial 1. Prior to starting the second round I had
      trained SNAP on the first round results and also ran Augustus
      separately and  passed this via the snaphmm, pred_gff option.
      Finally I set min protein to be no less than 100Aa and set
      est2genome and prot2genome off to allow for gene model refinement.
      <br>
      <br>
      I checked the run today and all ~8,000 contigs/scaffolds returned
      as FAILED with all having tried to be retried once each. (Note I retried to run this time reverting the AED to 1, yet the same outcome happened again).</div><div><br></div><div>The following error appears throughout the log file:</div><div><div><i>MAKER WARNING: The file MAKER.contigs_datastore/BF/41/tig00000234//theVoid.tig00000234/0/tig00000234.0.all.rb.out</i></div><div><i>did not finish on the last run and must be erased</i></div>
      <br>
      My initial feeling was, I feared I have just lost my initial set
      of 24,613 gene models. I now believe that this won't be the case
      but Im not sure... Can anyone explain what might have happened
      here and what consequences will follow given they all returned as
      failed ? Have they been deleted from the MAKER data store ? Are they retrievable ? <br>
      <br>
      I had capturd all 1st round MAKER output files (GFF, Fasta files
      etc) before attempting this 2nd round (i.e. 1st round of model
      training) of MAKER . <br>
      <br>
      If I have irrevocably changed the datastore for MAKER and lost
      those genes, might I be able to restore to an earlier point (say
      back to the first round of evidence in gene models) by passing the
      first MAKER gff in as "maker_gff=" / "pred_pass=1" /
      "model_pass=1" ? </div><div><br></div><div>As it stands, maker2zff and fasta_merge / gff3_merge all return nothing or empty output files. So clearly my gene models have been altered somehow. <br>
      <br>
      Any advice on this would be much appreciated. <br>
      Lahcen<br>
      <br></div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">==========================================<br>> Dr. Lahcen Campbell                                                  <<div>> Contact: <a href="mailto:lahcencampbell@gmail.com" target="_blank">lahcencampbell@gmail.com</a>                        <</div><div>> <a href="https://www.ebi.ac.uk/about/people/lahcen-campbell" target="_blank">https://www.ebi.ac.uk/about/people/lahcen-campbell</a> <</div><div><div><div>==========================================</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>