<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hello:<br><br></div>We have annotated a new rodent genome using Maker2. Based on the annotated maker2 gene sets, we did gene family expansion/contraction analysis using CAFE. We found Histone H2A, H2B, H4 gene families are under contraction. I wonder whether there are known bias to predict those gene families using Maker2? For example, can this due to repeat masking of the genome? I used repeatmaker and generated species specific repeat libraries follows <a href="http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Repeat_Library_Construction--Basic">http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Repeat_Library_Construction--Basic</a>.<br><br></div>Thanks<br><br></div>Best<br></div>Quanwei<br></div>