<div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000">Hi,<br></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><br></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000">This is YuHsuan Cheng, who is a PhD student from Taiwan. I want to use the MAKER combining with SNAP to annotate ciliates genome. The genetic code for ciliates is different from other species, so I am wondering that if there is any option in MAKER I can change the genetic code table? I also asked Dr. Korf about this issue, he said SNAP has no way to change the genetic code table. I will use Augustus combining with Maker later on. </font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000">The pipeline I used previously is as followed.</font></div><div class="gmail-yj6qo gmail-ajU" style="margin:2px 0px 0px;font-size:12.8px"><div id="gmail-:26f" class="gmail-ajR" tabindex="0"><img class="gmail-ajT" src="https://ssl.gstatic.com/ui/v1/icons/mail/images/cleardot.gif"></div></div><div class="gmail-adL" style="font-size:12.8px"><span class="gmail-im"><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000">1. MAKER (Hints from proteome and RNAseq)</font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000">2. MAKER to Zff  </font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000">3. ~/bin/maker/exe/snap/<a href="http://hmm-assembler.pl/" target="_blank">hmm-as<wbr>sembler.pl</a> snapFirst . > ../../snapFirst.hmm</font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000">and then used snapFirst.hmm as hints in MAKER</font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><br></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000">Look forward to your reply. Thank you.</font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><br></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000">Best wishes,</font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><br></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000">YuHsuan </font></div><div><br></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:13px">Yu-Hsuan Cheng 鄭毓鋗</span><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:13px">Institute of Molecular Biology</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:13px">Academia Sinica</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:13px">128 Academia road, Section 2</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:13px">Nankang, Taipei 115</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:13px">Taiwan</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:13px">Phone:<a href="tel:+886%202%202789%209216" value="+886227899216" target="_blank">+886-2-2789-9216</a> (Lab), <a href="tel:+886%20958%20216%20538" value="+886958216538" target="_blank">+886-958-216-538</a> (Mobile phone)</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Tahoma;font-size:13px"><a href="mailto:d02b48008@ntu.edu.tw" target="_blank">d02b48008@ntu.edu.tw</a></div></div></span></div></div>