<div dir="ltr"><div><div>Hello:<br><br>I am trying to identify pseudo genes following <a href="http://shiulab.plantbiology.msu.edu/index.php/Protocol:Pseudogene">http://shiulab.plantbiology.msu.edu/index.php/Protocol:Pseudogene</a><br><br>After I get the blast result, I am trying to scan pseudogenes by the command "python pseudo_wrap.py parameter". But I got the following errors. Do you have any ideas and suggestions about the errors? Thanks.<br><br></div><div>##below shows reported errors<br></div><div>Traceback (most recent call last):<br>  File "/gs/gsfs0/users/qzhang/tools/maker2_pseudogene/pseudo_pkg//ParseBlast.py", line 4330, in <module><br>    parse.get_qualified4(blast,fasta,E,I,L,P,Q)<br>  File "/gs/gsfs0/users/qzhang/tools/maker2_pseudogene/pseudo_pkg//ParseBlast.py", line 3050, in get_qualified4<br>    N = sizes[L[0]]<br><span style="color:rgb(255,0,0)">KeyError: 'maker-Contig2656-snap-gene-1.9-mRNA-1'</span><br>Traceback (most recent call last):<br>  File "/gs/gsfs0/users/qzhang/tools/maker2_pseudogene/pseudo_pkg/script_step3b.py", line 98, in <module><br>    oup.write("%s\t%s\t%s\t%s\n" % (all_contigs[i][0][0],<br><span style="color:rgb(255,0,0)">IndexError: list index out of range</span><br>Done!<br><br></div>Best<br></div>Quanwei<br></div>