<div dir="ltr"><div><div>Thank you Carson and Michael.<br><br></div>Best<br></div>Quanwei<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-12-07 23:42 GMT-05:00 Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">I’m going to CC Michael Campbell on this. I wasn’t really involved with any of the pseudogene accessory scripts and protocols that went with the MAKER-P publication nor have I really been involved with pseudogene annotation in general. So Michael might have more insight here.<div><br></div><div>—Carson<br><div><br><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div>On Dec 7, 2017, at 2:44 PM, Quanwei Zhang <<a href="mailto:qwzhang0601@gmail.com" target="_blank">qwzhang0601@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_6807041835693246805Apple-interchange-newline"></div></div><div><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div><div>Hello:<br><br>I am trying to identify pseudo genes following <a href="http://shiulab.plantbiology.msu.edu/index.php/Protocol:Pseudogene" target="_blank">http://shiulab.plantbiology.<wbr>msu.edu/index.php/Protocol:<wbr>Pseudogene</a><br><br>After I get the blast result, I am trying to scan pseudogenes by the command "python pseudo_wrap.py parameter". But I got the following errors. Do you have any ideas and suggestions about the errors? Thanks.<br><br></div><div>##below shows reported errors<br></div><div>Traceback (most recent call last):<br>  File "/gs/gsfs0/users/qzhang/tools/<wbr>maker2_pseudogene/pseudo_pkg//<wbr>ParseBlast.py", line 4330, in <module><br>    parse.get_qualified4(blast,<wbr>fasta,E,I,L,P,Q)<br>  File "/gs/gsfs0/users/qzhang/tools/<wbr>maker2_pseudogene/pseudo_pkg//<wbr>ParseBlast.py", line 3050, in get_qualified4<br>    N = sizes[L[0]]<br><span style="color:rgb(255,0,0)">KeyError: 'maker-Contig2656-snap-gene-1.<wbr>9-mRNA-1'</span><br>Traceback (most recent call last):<br>  File "/gs/gsfs0/users/qzhang/tools/<wbr>maker2_pseudogene/pseudo_pkg/<wbr>script_step3b.py", line 98, in <module><br>    oup.write("%s\t%s\t%s\t%s\n" % (all_contigs[i][0][0],<br><span style="color:rgb(255,0,0)">IndexError: list index out of range</span><br>Done!<br><br></div>Best<br></div>Quanwei<br></div></div></div>
______________________________<wbr>_________________<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div>