<div dir="ltr"><div>Using the --jaccard_clip option in Trinity, also helps to reduce the merging of very close genes when assembling RNAseq. A must for fungi and other gene-dense genomes.<br></div>It increases the assembly time of RNAseq quite a lot but it is worth it.<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 8 December 2017 at 03:28, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">There is no gene density parameter, and for gene overlap there is no distance parameter. Gene overlap on the same strand is not permitted though. If a gene is being excluded because of UTR overlap, you can someone correct for that by setting correct_est_fusion=1. That will trim back the UTR on those cases since this type of exclusion is often caused by false merging of neighboring transcripts during mRNA-seq assembly. Some organisms like fungi do truly have UTR overlap observed some genes, but mRNA-seq reads will assemble into a single transcript, so it’s hard to tease apart. Trimming back the UTR in those cases tends to be the most reliable solution.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
—Carson<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
> On Dec 7, 2017, at 9:13 AM, Jeanne Web <<a href="mailto:jeanne.wilbrandt@web.de">jeanne.wilbrandt@web.de</a>> wrote:<br>
><br>
> Dear MAKER developers,<br>
><br>
> I have wondered whether there is an internal threshold or cutoff value for gene density (allowing only x genes in a genomic region of a certain size) or gene overlap (requiring to be predictions x bases apart from each other)?<br>
><br>
> We have come to this idea when re-annotating a genome with another gene predictor. Several cases of single-exon genes not predicted by MAKER but flanked (i.e. close proximity) by MAKER-predictions were observed.<br>
><br>
> Thus, I'd like to ask: Which factors (apart from sequence/signals and evidence/AED) influence the algorithmic prediction decision?<br>
><br>
> Any help is highly appreciated.<br>
> With best wishes<br>
> Jeanne Wilbrandt<br>
><br>
><br>
> ~~~<br>
> Jeanne Wilbrandt, M.sc.<br>
> ORCID 0000-0002-0363-3837<br>
> ~~~<br>
> PhD candidate<br>
> Leibniz PhD representative, student representative<br>
> Leibniz Graduate School on Genomic Biodiversity Research<br>
> ZFMK ~ zmb ~ University of Bonn<br>
><br>
><br>
><br>
> ______________________________<wbr>_________________<br>
> maker-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br>
> <a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br>
<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>NSW Systems Biology Initiative<br>School of Biotechnology and Biomolecular Sciences<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>