<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hello:<br><br></div>I wonder how the maker2 pipeline deals with a 1kb or 100bp NN sequences in a scafold, especially when such sequences within a gene region?<br><br></div>Recently, we improved a rodent genome. However, at a few certain regions we filled the gap with both sequences and Ns sequences. We found some predicted genes in the old assembly lost in our new assembly. By looking deep into the region, the gene region in the new assembly highly match the old assembly at both ends of the gene, where covered most predicted coding sequences (predicted in the old assembly). The only difference is shown in the middle of the gene with some new sequence and Ns sequences. Attached in the alignments between sequence in the old and new assembly in the gene region (Y coordinate shows the new assembly).<br><br></div>Many thanks and Merry Christmas<br><br></div>Best<br></div>Quanwei   <br></div>