<div dir="ltr"><div>Hello:<br><br>I am trying to annotate a new NMR genome assembly. Since the gene annotation is available for the old version of NMR from NCBI, I tried to map the published refSeq transcripts onto the genome by "est2genome=1".  But I found quite a few genes were lost during mapping.  <br><br>Then I did another test to check the functionality of the mapping by "est2genome=1". I mapped the published refSeq transcripts onto the old genome (the same version for the published gene annotation) by maker with "est2genome=1". Still I can found quite a few genes were lost during the mapping. Below I show you the results of gene annotaion by BUSCOs, which <font face="Arial"><i>annotation completeness with single-copy orthologs</i></font>.  You can see, even we only consider the single-copy orthologs, there are still 4% were not map back to the genome. <br><br></div><div>Do you have any comments on this? Besides would you please give us some suggestions to make more published gene annotation map back to the same genome assembly through "est2genome=1"? Attached is the maker_opts.ctl file I used for the mapping. Many thanks.<br></div><div><br></div># this is the BUSCOs results using the published gene annotation<br><div><div>    C:99.3%[S:33.3%,D:66.0%],F:0.3%,M:0.4%,n:4104<br><br>    4077    Complete BUSCOs (C)<br>    1367    Complete and single-copy BUSCOs (S)<br>    2710    Complete and duplicated BUSCOs (D)<br>    14    Fragmented BUSCOs (F)<br>    13    Missing BUSCOs (M)<br>    4104    Total BUSCO groups searched<br><br></div><div>#this is the BUSCOs results using gene models after mapping by maker2. <br>    C:93.4%[S:36.5%,D:56.9%],F:2.6%,M:4.0%,n:4104<br><br>    3830    Complete BUSCOs (C)<br>    1496    Complete and single-copy BUSCOs (S)<br>    2334    Complete and duplicated BUSCOs (D)<br>    105    Fragmented BUSCOs (F)<br>    169    Missing BUSCOs (M)<br>    4104    Total BUSCO groups searched<br><br></div><div>Best<br></div><div>Quanwei<br></div><div><br></div></div></div>