<div dir="ltr"><div><div><div>Dear Carson,<br><br></div>Thanks for the quick response! Could you elaborate  a bit on on "grep on the name". Do you mean just grep all the lines in the gff_merge output with "est2genome" and "protein2genome" in column 3? In that case, what I got is the alignments rather than the gene model guessed by Maker based on the alignment, right? <br></div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks!<br></div><div><br></div>Best,<br></div>Jia-Xing<br><br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 30, 2018 at 5:57 PM, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">You can just grep on the name. Although est2genome and protein2genome should only be used for initial training, as they are almost always guaranteed to be partial and should be disabled once you have trained gene predictors that can build complete models.<br>
<br>
—Carson<br>
<div><div class="h5"><br>
> On Jan 30, 2018, at 9:32 AM, Jia-Xing Yue <<a href="mailto:yuejiaxing@gmail.com">yuejiaxing@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hello,<br>
><br>
> I enabled the est2genome and protein2genome option for Maker-3.00.0-beta in my particular case. I was wondering if it is possible to extract the gene models predicted by snap, augustus, est2genome, and protein2genome respectively.<br>
><br>
> By using the gff_merge command, I think I can extract some gene models for each cases but not all, especially for the est2genome and protein2genome set (e.g. those labeled with "maker-chr*-exonerate_<wbr>est2genome-gene" and "maker-chr*-exonerate_<wbr>protein2genome-gene").<br>
><br>
> Thanks in advance!<br>
><br>
> Best,<br>
> Jia-Xing<br>
><br>
><br>
><br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_________________<br>
> maker-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br>
> <a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(0,0,0)">Jia-Xing Yue <br><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)">Population Genomics and Complex Traits Group</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">Tour Pasteur 8eme etage</font></span><span style="color:rgb(0,0,0)"><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">Faculté de Médecine<br></font><span><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">Institute for Research on Cancer and Aging, Nice (IRCAN)</font></div><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">CNRS UMR 7284 - INSERM U 1081 - </font>Université Côte d’Azur (UCA)</div></span><span><span style="color:rgb(0,0,0)"><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif"><a href="https://maps.google.com/?q=28+Avenue+de+Valombrose&entry=gmail&source=g" target="_blank">28 Avenue de Valombrose</a></font></span></span></div><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">06107 NICE Cedex 2</font></div><div><font size="2" face="arial, helvetica, sans-serif">France</font></div></span></div><div><br></div><div>Twitter: <a href="https://twitter.com/iAmphioxus" target="_blank">@iAmphioxus</a><br></div><div><div>Personal website: <a href="http://www.iamphioxus.org/" target="_blank">http://www.iamphioxus.org/</a></div><div>Lab website: <a href="https://litilab.wordpress.com/" target="_blank">https://litilab.wordpress.com/</a><br></div><div>Yeast Population Reference Panel: <a href="https://yjx1217.github.io/Yeast_PacBio_2016/welcome/" target="_blank">https://yjx1217.github.io/Yeast_PacBio_2016/welcome/</a></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>