<div dir="ltr">Hello,<div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"></div></div></div></div></div></div>
<div><br></div><div>I was wondering what might be the recommended option for using PASA2 alignment assemblies with MAKER3:</div><div><br></div><div><div>1. PASA assemblies in FASTA format (est)</div><div>2. PASA assembly structures (est_gff)</div><div>3. ORFs from PASA assemblies (protein)</div></div><div><br></div><div>And related to this question, when I use the PASA2 assembly structures in GFF3 format, MAKER reports the error below.</div><div><br></div><div>"ERROR: Non-unique top level ID for..."<br></div><div><br></div><div>I suppose all the non-unique IDs need to be renamed for MAKER?</div><div><br></div><div>Any help is greatly appreciated.</div></div>