<div dir="ltr"><div><div><div>Hey guys,<br><br></div>I was wondering on what would be the best way to implement Pacbio long and assembled Illumina short reads into MAKER. PacBio reads have a higher confidence to find correct gene models as they do not need to be assembled, but I do not have enough PacBio reads available to construct an annotation solely based on PacBio reads. I also have tons of short reads available, but those are really short (30-40bp) so they are not very reliable. Is it a good idea to first do an annotation only with PacBio reads and Protein data and then do a "re-annotation" with Illumina reads in order to only identify "new" models that could be introduced by Illumina reads but let the old models intact? Are there any other suggestions or experiences?<br><br></div>best<br></div>Timo<br></div>