<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I am using MAKER v3 to update community annotation with new RNA-seq evidence data. Part of my problem is that MAKER shows below error when repeat masking. I have attached the community annotation gff, maker log and maker_opts.ctl for your reference.  I searched for this error  in the maker-dev google group and found some <a href="https://groups.google.com/forum/#!topic/maker-devel/651ka80F3s4">hints</a> to update BLAST to 2.7, rmblast to 2.6 and reconfigure RepeatMasker which I did but it still fails with the error. Any help appreciated.</div><div><br></div><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">deleted:0 hits<span></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">collecting blastx repeatmasking<span></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">processing all repeats<span></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">in cluster::shadow_cluster...<span></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">Died at /mnt/grid/ware/hpc/home/data/mcampbel/applications/maker/bin/../lib/Bio/Search/Hit/PhatHit/Base.pm line 188.<span></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">--> rank=1, hostname=<a href="http://bnbcompute15.blacknblue.cshl.edu">bnbcompute15.blacknblue.cshl.edu</a><span></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">ERROR: Failed while processing all repeats<span></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">ERROR: Chunk failed at level:3, tier_type:1<span></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">FAILED CONTIG:Chr06<span></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)"><span> </span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0<span></span></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)"><span></span></p><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Cambria;font-size:medium">FAILED CONTIG:Chr06</span></div><div><br></div><div> </div><div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Kapeel</div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><font face="'courier new', monospace"><b><div><br></div><div>Kapeel Chougule<br></div>Computational Scientist<font face="'courier new', monospace"> Developer II<br></font></b></font><font face="'courier new', monospace"><b><font face="'courier new', monospace">One Bungtown Road  Cold Spring Harbor, NY 11724<br><font face="'courier new', monospace"><a href="http://www.warelab.org/" target="_blank">http://www.warelab.org/</a></font><br><br></font></b></font></div></div></div>
</div></div>