
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class=""><div class="">Hi Kapeel,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">The failure is caused by the absence of a start or end coordinate (usually caused by a BLAST report truncation - there is a BLAST bug supposably fixed now where reports were being truncated by BLAST). If you’ve done all the updates to installed tools, make sure you aslo set the location of the updated tools in maker_exe.ctl and reran the ./configure script for RepeatMasker (internal to it’s install directory) or the old tool is likely still being used.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Also if that doesn’t fix it, try the following. Use the attached file to replace …/maker/lib/Widget/RepeatMasker.pm</div><div class=""><br class=""></div><div class="">There is also an as of yet unfixed RepeatMasker bug where it reports a 0 value for the start/end coordinate when configured with RMBLAST (RepeatMasker uses a 1 based coordinate system, so 0 is not supposed to be possible and it only happens with RMBLAST). The change I made to the parser is a hack where I have MAKER change the RepeatMasker coordinate to 1 whenever it sees the invalid 0.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">—Carson</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""></div></body></html>