<div dir="ltr"><span style="font-size:12.800000190734863px">Hi,</span><div style="font-size:12.800000190734863px"><br></div><div style="font-size:12.800000190734863px">I am using MAKER v3 to update community annotation with new RNA-seq evidence data. Part of my problem is that MAKER shows below error when repeat masking. I have attached the community annotation gff, maker log and maker_opts.ctl for your reference.  I searched for this error  in the maker-dev google group and found some <a href="https://groups.google.com/forum/#!topic/maker-devel/651ka80F3s4" target="_blank">hints</a> to update BLAST to 2.7, rmblast to 2.6 and reconfigure RepeatMasker which I did but it still fails with the error. Any help appreciated.</div><div style="font-size:12.800000190734863px"><br></div><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">deleted:0 hits</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">collecting blastx repeatmasking</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">processing all repeats</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">in cluster::shadow_cluster...</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">Died at /mnt/grid/ware/hpc/home/data/<wbr>mcampbel/applications/maker/<wbr>bin/../lib/Bio/Search/Hit/<wbr>PhatHit/Base.pm line 188.</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">--> rank=1, hostname=<a href="http://bnbcompute15.blacknblue.cshl.edu/" target="_blank">bnbcompute15.<wbr>blacknblue.cshl.edu</a></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">ERROR: Failed while processing all repeats</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">ERROR: Chunk failed at level:3, tier_type:1</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">FAILED CONTIG:Chr06</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)"> </p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)">ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:medium;font-family:Cambria;color:rgb(0,0,0)"></p><div style="font-size:12.800000190734863px"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Cambria;font-size:medium">FAILED CONTIG:Chr06</span></div><div style="font-size:12.800000190734863px"><br></div><div style="font-size:12.800000190734863px"><br></div><div style="font-size:12.800000190734863px"><div>Genome fasta: <a href="https://de.cyverse.org/dl/d/F612A6E2-A58E-44F0-895D-B766B41FE287/Chr06.gff">https://de.cyverse.org/dl/d/F612A6E2-A58E-44F0-895D-B766B41FE287/Chr06.gff</a><br></div><div>MAKER_run_log: <a href="https://de.cyverse.org/dl/d/0B898D91-1520-4D19-9835-DC7EDD52415F/maker.run.log">https://de.cyverse.org/dl/d/0B898D91-1520-4D19-9835-DC7EDD52415F/maker.run.log</a></div><div>Maker_opts.ctl: <a href="https://de.cyverse.org/dl/d/15EB321B-4604-47C9-8E4F-0DC8D78517CE/maker_opts.ctl">https://de.cyverse.org/dl/d/15EB321B-4604-47C9-8E4F-0DC8D78517CE/maker_opts.ctl</a></div></div><div style="font-size:12.800000190734863px"> </div><div style="font-size:12.800000190734863px">Thanks</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><font face="'courier new', monospace"><b><div><br></div><div>Kapeel Chougule<br></div>Computational Scientist<font face="'courier new', monospace"> Developer II<br></font></b></font><font face="'courier new', monospace"><b><font face="'courier new', monospace">One Bungtown Road  Cold Spring Harbor, NY 11724<br><font face="'courier new', monospace"><a href="http://www.warelab.org/" target="_blank">http://www.warelab.org/</a></font><br><br></font></b></font></div></div></div>
</div>