<div dir="ltr">Thanks Carson,<div><br></div><div>It works now. I only had to replace the Repeat Masker perl module and it ran without any errors.</div><div><br></div><div>Best</div><div><br></div><div>Kapeel</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 4, 2018 at 2:46 PM, Carson Holt <span dir="ltr"><<a href="mailto:carsonhh@gmail.com" target="_blank">carsonhh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div>Hi Kapeel,</div><div><br></div><div>The failure is caused by the absence of a start or end coordinate (usually caused by a BLAST report truncation - there is a BLAST bug supposably fixed now where reports were being truncated by BLAST). If you’ve done all the updates to installed tools, make sure you aslo set the location of the updated tools in maker_exe.ctl and reran the ./configure script for RepeatMasker (internal to it’s install directory) or the old tool is likely still being used.</div><div><br></div><div>Also if that doesn’t fix it, try the following. Use the attached file to replace …/maker/lib/Widget/<wbr>RepeatMasker.pm</div><div><br></div><div>There is also an as of yet unfixed RepeatMasker bug where it reports a 0 value for the start/end coordinate when configured with RMBLAST (RepeatMasker uses a 1 based coordinate system, so 0 is not supposed to be possible and it only happens with RMBLAST). The change I made to the parser is a hack where I have MAKER change the RepeatMasker coordinate to 1 whenever it sees the invalid 0.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>—Carson</div><div><br></div><div><br></div></font></span></div><br><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><br><div><br><blockquote type="cite"><div>On May 1, 2018, at 10:16 AM, Kapeel Chougule <<a href="mailto:kapeelc@gmail.com" target="_blank">kapeelc@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="m_-1518293964576006596Apple-interchange-newline"><div><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I am using MAKER v3 to update community annotation with new RNA-seq evidence data. Part of my problem is that MAKER shows below error when repeat masking. I have attached the community annotation gff, maker log and maker_opts.ctl for your reference.  I searched for this error  in the maker-dev google group and found some <a href="https://groups.google.com/forum/#!topic/maker-devel/651ka80F3s4" target="_blank">hints</a> to update BLAST to 2.7, rmblast to 2.6 and reconfigure RepeatMasker which I did but it still fails with the error. Any help appreciated.</div><div><br></div><div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria">deleted:0 hits<span></span></div><div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria">collecting blastx repeatmasking<span></span></div><div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria">processing all repeats<span></span></div><div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria">in cluster::shadow_cluster...<span></span></div><div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria">Died at /mnt/grid/ware/hpc/home/data/<wbr>mcampbel/applications/maker/<wbr>bin/../lib/Bio/Search/Hit/<wbr>PhatHit/Base.pm line 188.<span></span></div><div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria">--> rank=1, hostname=<a href="http://bnbcompute15.blacknblue.cshl.edu/" target="_blank">bnbcompute15.<wbr>blacknblue.cshl.edu</a><span></span></div><div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria">ERROR: Failed while processing all repeats<span></span></div><div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria">ERROR: Chunk failed at level:3, tier_type:1<span></span></div><div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria">FAILED CONTIG:Chr06<span></span></div><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria"><span> </span></p><div style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria">ERROR: Chunk failed at level:2, tier_type:0<span></span></div><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;font-size:inherit;font-family:Cambria"><span></span></p><div><span style="font-family:Cambria;font-size:inherit">FAILED CONTIG:Chr06</span></div><div><br></div><div> </div><div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Kapeel</div>-- <br><div class="m_-1518293964576006596gmail_signature"><div dir="ltr"><div><font face="'courier new', monospace"><b><div><br></div><div>Kapeel Chougule<br></div>Computational Scientist<font face="'courier new', monospace"> Developer II<br></font></b></font><font face="'courier new', monospace"><b><font face="'courier new', monospace">One Bungtown Road  Cold Spring Harbor, NY 11724<br><font face="'courier new', monospace"><a href="http://www.warelab.org/" target="_blank">http://www.warelab.org/</a></font><br><br></font></b></font></div></div></div>
</div></div>
<span id="m_-1518293964576006596cid:DDA7DD8D-E9C9-4628-B51D-D3EB1870FBB7@localdomain"><Chr06.gff></span><span id="m_-1518293964576006596cid:73DB8CD3-096D-4327-8F2D-3715885545B6@localdomain"><maker_opts.ctl></span><span id="m_-1518293964576006596cid:00CA23D4-91DC-4E64-A406-C2E7F4C57A0B@localdomain"><<wbr>maker.run.log></span>________________<wbr>______________________________<wbr>_<br>maker-devel mailing list<br><a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.<wbr>com</a><br><a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" target="_blank">http://box290.bluehost.com/<wbr>mailman/listinfo/maker-devel_<wbr>yandell-lab.org</a><br></div></blockquote></div><br><div><br></div></div><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><font face="'courier new', monospace"><b><div><br></div><div>Kapeel Chougule<br></div>Computational Scientist<font face="'courier new', monospace"> Developer II<br></font></b></font><font face="'courier new', monospace"><b><font face="'courier new', monospace">One Bungtown Road  Cold Spring Harbor, NY 11724<br><font face="'courier new', monospace"><a href="http://www.warelab.org/" target="_blank">http://www.warelab.org/</a></font><br><br></font></b></font></div></div></div>
</div>