<div dir="ltr"><br clear="all"><div>Hi,</div><div><br></div><div><span style="color:rgb(43,44,51);font-family:"SF Regular","Segoe System UI Regular","Segoe UI Regular",sans-serif;font-size:14px;font-variant-ligatures:normal;letter-spacing:-0.2px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(241,241,244)">I am trying to update <a href="https://de.cyverse.org/dl/d/39D60E88-078D-4CF5-9F3A-D712B714CDD8/community.annotation.gff3">community annotation</a> in the light of new evidence data but my MAKER runs are not keeping all the genes from the community annotation.</span></div><div><span style="color:rgb(43,44,51);font-family:"SF Regular","Segoe System UI Regular","Segoe UI Regular",sans-serif;font-size:14px;font-variant-ligatures:normal;letter-spacing:-0.2px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(241,241,244)"><br></span></div><div><span style="color:rgb(43,44,51);font-family:"SF Regular","Segoe System UI Regular","Segoe UI Regular",sans-serif;font-size:14px;font-variant-ligatures:normal;letter-spacing:-0.2px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(241,241,244)"><div style="box-sizing:border-box;font-variant-ligatures:normal;letter-spacing:-0.2px;display:inline;overflow:visible;font-family:monospace;line-height:22px">Community annotation feature count:
      2 
      1 bicolor
 239969 CDS
 266301 exon
  51066 five_prime_UTR
  34129 gene
  47121 mRNA
  53708 three_prime_UTR</div><span style="font-variant-ligatures:normal;letter-spacing:-0.2px">
</span>
</span><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(43,44,51);font-size:14px;font-variant-ligatures:normal;letter-spacing:-0.2px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(241,241,244);display:inline;overflow:visible;font-family:monospace;line-height:22px">MAKER gene count->  </div></div><div><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(43,44,51);font-size:14px;font-variant-ligatures:normal;letter-spacing:-0.2px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(241,241,244);display:inline;overflow:visible;font-family:monospace;line-height:22px">awk '$3=="gene"{print}' maker_output.all.gff | grep "Sobic*" | wc -l 
21105</div></div><div><div style="box-sizing:border-box;color:rgb(43,44,51);font-size:14px;font-variant-ligatures:normal;letter-spacing:-0.2px;white-space:pre-wrap;background-color:rgb(241,241,244);display:inline;overflow:visible;font-family:monospace;line-height:22px"><br></div></div>In the maker_opts.ctl file attached, I did make keep_preds=1 and map_forward=1 which keep all the community gene models even if they dont have evidence support. This was explained here:<br><a href="http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Updating_annotations_in_light_of_new_data">http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/Updating_annotations_in_light_of_new_data</a><br>. So not sure why we dont have the all the community gene models mapped in the MAKER output<br><br>Thanks<br><br>Kapeel<br>--<div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><font face="'courier new', monospace"><b><div><br></div><div>Kapeel Chougule<br></div>Computational Scientist<font face="'courier new', monospace"> Developer II<br></font></b></font><font face="'courier new', monospace"><b><font face="'courier new', monospace">One Bungtown Road  Cold Spring Harbor, NY 11724<br><font face="'courier new', monospace"><a href="http://www.warelab.org/" target="_blank">http://www.warelab.org/</a></font><br><br></font></b></font></div></div></div></div>