<div dir="ltr">   


        
        <span></span>
        
        


<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">Hi ,</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">First
of all thanks for your efforts in Maker pipeline. Its a tremendous
help for the people that works with genomes.</p>

<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US"> In the
last 4 days i have broke my head.. with an error ..  but still
without a solution.  
</p>

<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">I found
this old thread:
<a href="https://groups.google.com/forum/#!msg/maker-devel/X2-76BH9gvg/rU4kLJ3B6tsJ">https://groups.google.com/forum/#!msg/maker-devel/X2-76BH9gvg/rU4kLJ3B6tsJ</a></p>

<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">Seems
to be a quite similar... but don't point to a specific solution. 
</p>

<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">I have
run maker with the data test and all runned ok. Maker finalize the
entire process without errors. 
</p>

<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">Recently,
i’m trying to aplly my own data on MPI cluster. But  this error,
frequently occurred.</p>


<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">Thread
1 terminated abnormally:
../dna.maker.output/mpi_blastdb/dna%2Efa.mpi.1/dna%2Efa.mpi.1.0</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">-->
rank=8, hostname=compute-0-1.local, at
../Analysis/Geno/maker/bin/maker line 1451 thread 1.</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">-->
rank=8, hostname=compute-0-1.local</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">deleted:0
hits</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">deleted:0
hits</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">preparing
ab-inits</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">deleted:0
hits</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">deleted:0
hits</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">FATAL:
Thread terminated, causing all processes to fail</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">-->
rank=8, hostname=compute-0-1.local</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">deleted:0
hits</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">Basically
im tring to run a maker with dna.fa, rna.fa, prot.fa and
my_custom_lib_of_repeats.fa, to produce raw genes models which will
be used to train SNAP. 
</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">I
already used several command lines and all gave me the same error..
The only change between different tests was the local of the error,
sometimes happened in compute-0-1.local other time in
compute-0-4.local or in another one.</p>

<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">mpiexec
-n 63 --hostfile Host maker 1>1.log 2>2.err</p><div><br></div><div>mpiexec
--hostfile Host maker 1>1.log 2>2.err

</div><p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">mpiexec
-mca btl ^openib -n 63 --hostfile Host maker 1>1.log 2>2.err</p>

<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">nohup
mpiexec -mca btl ^openib -n 63 --hostfile Host maker -a 1>1.log
2>2.err</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">The log
file as well the option files are provided below. 
</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">Many
thanks in advance,</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%" lang="en-US">André</p>

<br></div>