<div dir="rtl"><div style="direction:ltr">

<span style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">Dear MAKER users,</span><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><br></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">I am new to MAKER and would like your advice.</div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">I am planning to annotate multiple genomes of tomato variants and wild relatives. To this end, I have been working on generating a diverse transcripts data set to be used as input for MAKER (along with protein sequences and the 'official' tomato annotation). My transcripts set was generated by collecting multiple available RNA-Seq results from SRA, covering diverse variants, conditions and tissues, and assembling them into transcripts using Trinity. My goal is to have a data set as diverse and broad as possible.</div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">Now I have ~30 fasta files of transcripts, originating from different studies. Of course, many of the transcripts are redundant and/or partial. I am exploring ways to merge the multiple data sets into a non-redundant one, while also stitching partial transcripts into longer ones based on overlaps.</div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">However, this turns out to be not-so-trivial and I am wandering if this is really necessary in order to get a good annotation? Maybe I can just concatenate all my transcriptome assembly results, and MAKER will handle redundant and partial transcripts?</div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">Can someone clarify how this works, and try to assess if an annotation based on a merged data set should be superior to one that didn't undergo such a process? If someone has actual experience with such data, that  would be really helpful, but any advice would be highly appreciated.</div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><br></div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">Thanks a lot and best regards,</div><div style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial">Lior</div>

<br></div></div>