<div dir="ltr">the run/ES_C.mod should be the right one if it is there.<div>It is possible is crashing on one of the training / retraining?<br></div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="m_-5698941690518395299gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Jason Stajich<br><a href="mailto:jason.stajich@gmail.com" target="_blank">jason.stajich@gmail.com</a><br></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, Jul 3, 2018 at 11:05 AM Jennifer Anderson <<a href="mailto:jennifer.anderson@ebc.uu.se" target="_blank">jennifer.anderson@ebc.uu.se</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<br>
<div>
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="text-align:start;text-indent:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="text-align:start;text-indent:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="text-align:start;text-indent:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="text-align:start;text-indent:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="text-align:start;text-indent:0px;word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">
<div style="color:rgb(0,0,0);letter-spacing:normal;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
<div>
<div>Hello,</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I am working on annotations for fungal genomes, using GenemarkES with —fungi for gene prediction.  In earlier attempts, I did not use the  training flag, and I did get the output gmhmm file.  Now I have tried with
 the training flag and do not get this file.  In the /run/ directory I do get mod files  ES_A.mod, ES_B.mod, and ES_C.mod, as well as ini.mod.  Does one of these files work as the ES.mod file as in </div>
<div>"gmhmm=../train_genemark/es.mod #GeneMark HMM file” from <a href="http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/The_MAKER_control_files_explained?" target="_blank">http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/The_MAKER_control_files_explained?</a> I
 don’t find documentation of the genemarkES output online.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you.</div>
<div><br>
</div>
<div>Jenni</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<u></u>

<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
När du har kontakt med oss på Uppsala universitet med e-post så innebär det att vi behandlar dina personuppgifter. För att läsa mer om hur vi gör det kan du läsa här: <a href="http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/" target="_blank">http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/</a>
<br>
<br>
E-mailing Uppsala University means that we will process your personal data. For more information on how this is performed, please read here: <a href="http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/" target="_blank">http://www.uu.se/om-uu/dataskydd-personuppgifter/</a>
</div>

_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div>