<div dir="ltr"><div><div><div>Hey,<br><br></div>I am working on the improvement of an already existing annotation. I could find that sometimes MAKER would split or merge genes where it intuitively does not look correct when looking at the evidence. Please find two examples attached. The first track is the old annotation, the second track the new annotation, then there is RNA-seq data, proteins, repeats, snap prediction, augustus prediction. It is visible, that in both cases the evidence supports two genes, and one gene predictor in each case tends to create one gene where the other one creates two genes. I do not understand why in this case the gene is merged, if evidence and also one ab initio prediction support rather two genes. Are there any suggestions on how to solve this?<br><br></div>best<br></div>Timo<br></div>