<div dir="rtl"><div dir="ltr">Hello,</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">I am trying to annotate multiple 

<span style="font-size:small;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">variants</span> of tomato. While a good annotation of the reference genome is available, I have denovo-assembled other variants of the same species and wish to annotate them.</div><div dir="ltr">Most MAKER documentation refers to annotation of a new species, while using transcripts and proteins from either the exact same sample (individual) or from "an alternate organism", so I'm not sure what to do in this case, where I am annotating various samples from the same species. I have two questions:</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">1. Regarding transcripts data, how should I use transcripts from other variants of the same species? Namely, should I use the est or the altest parameter? What is the actual difference in behavior?</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">2. Is there a way to incorporate gene models (in gff format) from the reference annotation? I expect high similarity in my assembled variants, but not identity in terms of content and coordinates, so neither pred_gff nor model_gff sound like what I need, as far as I understand.</div><div dir="ltr">I could also use the reference annotation and sequence to extract cDNA and provide them as EST data. Is this the way to go? It feels like some information on introns might be lost this way.</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Would highly appreciate your answers to these questions or any other advice.</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Thank you very much!</div></div>