<div dir="rtl"><div dir="ltr">Dear MAKER users,</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">I am running MAKER in order to annotate a large plant genome. To improve performance, I use the MPI option as described in the documentation (specifically openMPI). The machines I currently have access to are part of a cluster on which SGE is used as the job scheduler. There are about 15 machines, each with 20 cores. Therefore, in order to run, I create files that look something like this:</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="monospace, monospace">#!/bin/bash</font></div><div dir="ltr"><font face="monospace, monospace">#$ -N try_MAKER</font></div><div dir="ltr"><font face="monospace, monospace">#$ -S /bin/bash</font></div><div dir="ltr"><font face="monospace, monospace">#$ -e /path/to/err<br></font></div><div dir="ltr"><font face="monospace, monospace">#$ -o /path/to/out</font></div><div dir="ltr"><font face="monospace, monospace">#$ -pe openmpi-x86_64 20<br></font></div><div dir="ltr"><font face="monospace, monospace">cd /path/to/run_dir<br></font></div><div dir="ltr"><font face="monospace, monospace">mpiexec -n 20 --mca btl tcp,self maker</font><br></div><div dir="ltr"><br></div><div>I then just qsub the file.</div><div>This works fine, but I'd like to use more than 20 cores, which means I need to use multiple nodes of the cluster. Simply increasing the number of requested cores (e.g. 

<span style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline">mpiexec -n 100)</span> does not work - it keeps using 20 cores of a single node.</div><div>I see <a href="https://www.osc.edu/supercomputing/batch-processing-at-osc/pbs-directives-summary">this is possible when the scheduler used is PBS</a> (using the nodes:ppn option), but couldn't find any examples/instructions regarding SGE.</div><div>Can anyone help me figure it out? Has anyone done this on SGE?</div><div><br></div><div>Thanks a lot and best regards,</div><div>Lior</div><div><br></div></div></div>