<div dir="ltr"><div>Hello, <br></div><div><br></div><div>How are you? <br></div><div>I am new in bioinfo. I am working with circulating cell-free DNA (small DNA fragments with around 180 to 600 bp). <br></div><div><br></div><div>We sequenced a whole ccfDNA form a mussel, and I am trying to annotated those fragment (up to 100pb) with MAKER. <br></div><div><br></div><div>Is it a good idea? <br></div><div><br></div><div>I have been facing one problem...i am using clusters and I am not allow to have more than 1000k files. However, MAKER create sub-folders (maker_datastore) for each contigs. Is there a way to produce one big output during the process instead of many different files for each contigs, please? <br></div><div><br></div><div>Thank you very much</div><div><br></div><div>Philippine <br></div><div><br></div><div><br></div></div>