<div dir="ltr"><div>Hi everyone,</div><div><br></div><div>I'm trying to annotate a de novo Drosophila genome in MAKER 2.31.9. Unfortunately, the program annotated few proteins (4081, while flies have ~13K). After some investigation, I think this occurred because I used the option "est2genome=1", that restrict the final annotation with my transcriptome file (with ~6K sequences).</div><div><br></div><div>I noted that my "all.maker.augustus_masked.proteins.fasta" output have ~12K genes.<br></div><div><br></div><div>Is it possible to correct this mistake without starting from the begin? I start a new run with "est2genome=0" and using the previous gff output in several options, but it seems like it will take forever to finish.</div><div><br></div><div>Also, would it be necessary some filtering/edition in the "all.gff file" when put it in the options like "est_gff" and "rm_gff"?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>Eduardo<br></div></div>