<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I am trying to run maker together with EVM. I want to annotate a genome for which there is no evidence data, which is why I am using ESTs and protein data from a closely related species. I am finding two unrelated issues.</div><div><br></div><div>The first one is the following: <br></div><div>I set up the control files passing alt_est with a fasta file of ESTs, protein with protein from a closely related species as well as uniprot-sprot.fa, es2genome=1 and prot2genome=1. I am getting the following error:</div><div><br></div><div>>ERROR: You must provide some form of EST evidence to use est2genome as a predictor.</div><div><br></div><div>Does this mean I can only use est2genome with ESTs from the species of interest?</div><div><br></div><div>The second error relates to EVM:</div><div>I have passed in the file maker_opts.ctl the option run_evm=1. I have used default parameters in the file maker_evm.ctl. I am getting the following error:<br></div><div><br></div><div>>ERROR: You have failed to provide a value for 'evm' in the control files.</div><div><br></div><div>Does this error relate to the maker_opts.ctl file or the maker_evm.ctl one? How could I fix it?<br></div><div><br></div><div><br></div><div>And lastly, a more general but fundamental question. Is my approach sensible? My plan is to run this evidence-based annotation, then perhaps train SNAP, Augustus and GeneMark, and use those output files to re-run maker with ab-initio parameters.</div><div><br></div><div>I would appreciate any input on any of these issues.</div><div><br></div><div>Thank you!</div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div>