<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi Everyone,</div><div><br></div><div>Just getting my latest Maker install running and I'm running into the following issue when it gets to tRNAscan-SE:<br><br>running  trnascan.<br>#--------- command -------------#<br>Widget::trnascan:<br>/usr/local/bin/tRNAscan-SE -b -q /tmp/maker_5C2HGK/Chr01_94779-3233013.abinit_no<br>mask.0 > /tmp/maker_5C2HGK/Chr01_94779-3233013.abinit_nomask.0.eukaryotic.trnasc<br>an<br>#-------------------------------#<br><br>WARNING: -q exists already.<br><br> (O)verwrite file, (A)ppend to file, or (Q)uit program?<br><br></div><div>I have tRNAscan-SE-2.0 installed, which has a -b option for a bed output but needs a file to be specified.  Do I need to roll back to a specific version or would it be easier to skip it and run tRNAscan-SE separately?  Do the outputs get integrated later to adjsut Maker calls or are they stand alone?<br></div><div><br></div><div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Seth Munholland, Ph.D. Candidate</div><div>Intern, International Society for Computational Biology</div><div>VP, Finance & Extracurricular Affairs, DBGSA</div><div>Department of Biological Sciences</div><div>Rm. 306 Biology Building</div><div>University of Windsor</div><div>401 Sunset Ave. N9B 3P4</div><div>T: <a value="+15192533000">(519) 253-3000 Ext: 4755</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>