<div dir="ltr"><div>Don't you use SNAP? It usually produces quite decent results. And easier to train than any of the other predictors<br></div><div><br></div><div>In any case, the Augustus gene model is way off in both cases<br></div><div>GM doesn't seem bad if your fungus has a rather usual genome... in the first. For the second, it looks bad<br></div><div><br></div><div>I'm not too familiar with the reannotation but I'd rather create the gene models from scratch rather than reuse the ones from the Illumina-only genomes.</div><div>Note that assemblies with long-reads, have a higher proportion of repetitive elements that need masking and RepeatMasker only may not be enough. In theory, this shouldn't affect Augustus model if trained through BUSCO as it uses defined conserved markers to create the gene model, but I'm not so sure about GM.</div><div><br></div><div>If you trained Augustus with BUSCO, and this is the result, I'd discard the gene model and train it again by the "traditional way", i.e. as it used to be when we only had CEGMA. I had good results just by changing the training method.</div><div><br></div><div>Hope it helps,</div><div>Xabi</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, 6 Feb 2019 at 02:19, morgan sobol <<a href="mailto:morgan_starr_s@live.com" target="_blank">morgan_starr_s@live.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thank you, Xabi for the response. </div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
The number of proteins from each source is greatly lower than before. </div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Previous numbers were 325, 10,899, and 11,243 for augustus, genemark, and maker respectively. </div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
The more recent numbers are 25, 857, 4418 respectively. </div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
So do you think maybe this hints that something is wrong from genemark? </div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Morgan</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div>
<div id="gmail-m_5939907033713183898gmail-m_5921756504511149049gmail-m_-973663850771284679appendonsend"></div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_5939907033713183898gmail-m_5921756504511149049gmail-m_-973663850771284679divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Xabier Vázquez-Campos <<a href="mailto:xvazquezc@gmail.com" target="_blank">xvazquezc@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Sunday, February 3, 2019 4:43 PM<br>
<b>To:</b> morgan sobol<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:maker-devel@yandell-lab.org" target="_blank">maker-devel@yandell-lab.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [maker-devel] Re-annotation, fewer gene predictions</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>Hi Morgan,</div>
<div><br>
</div>
<div>We had a similar issue with AUGUSTUS underpredicting when using a BUSCO-derived gene model</div>
<div><a href="https://groups.google.com/d/msg/maker-devel/ocnDG4nq1A8/NyCPzzRgAgAJ" target="_blank">https://groups.google.com/d/msg/maker-devel/ocnDG4nq1A8/NyCPzzRgAgAJ</a></div>
<div><br>
</div>
<div>Also, check the number of proteins by each individual predictor. If the numbers from one of them are off, you may find a possible source of issues.</div>
<div>We didn't have a very good experience with GM, as it used to overpredict an absurd number of proteins.</div>
<div><br>
</div>
<div>Xabi<br>
</div>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail-m_5939907033713183898gmail-m_5921756504511149049gmail-m_-973663850771284679x_gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail-m_5939907033713183898gmail-m_5921756504511149049gmail-m_-973663850771284679x_gmail_attr">On Mon, 4 Feb 2019 at 06:15, morgan sobol <<a href="mailto:morgan_starr_s@live.com" target="_blank">morgan_starr_s@live.com</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote class="gmail-m_5939907033713183898gmail-m_5921756504511149049gmail-m_-973663850771284679x_gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hello, 
<div><br>
</div>
<div>I previously used Maker to annotate two different fungal genomes that were created using Illumina sequences only. For these genomes, I had over 11,000 genes predicted. </div>
<div>I recently obtained PacBio sequences for the same genomes, so I created two hybrid assemblies. Both assemblies were very familiar in length and completed number of orthologs to the Illumina only assembly, but had much fewer, but longer contigs. </div>
<div><br>
</div>
<div>I re-ran Maker using the settings below. For one of my genomes, I got around 11,000 genes predicted again, as expected. However, for the other genome, I am continuously getting ~4,400 predicted genes. </div>
<div><br>
</div>
<div>I am asking for help as to how I can determine why I keep getting fewer predicted genes for only one of my genomes, even though I ran them the same?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Morgan S. </div>
<div><br>
</div>
<div>maker_opts.log</div>
<div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">#-----Genome (these are always required)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">genome=/work/Geomicrobiology/msobol/IODP_329_SPG/1368D2H1/repeatmasker/unicycler/1368D_unicycler_contigs.fasta.masked #genome sequence (fasta file or$</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">organism_type=eukaryotic #eukaryotic or prokaryotic. Default is eukaryotic</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56);min-height:13px">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">#-----Re-annotation Using MAKER Derived GFF3</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">maker_gff=/work/Geomicrobiology/msobol/IODP_329_SPG/1368D2H1/maker/1368D_2H1_contigs.fasta.maker.output/1368D_2H1_contigs.fasta.all.gff #MAKER derive$</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">est_pass=0 #use ESTs in maker_gff: 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">altest_pass=1 #use alternate organism ESTs in maker_gff: 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">protein_pass=1 #use protein alignments in maker_gff: 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">rm_pass=0 #use repeats in maker_gff: 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">model_pass=0 #use gene models in maker_gff: 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">pred_pass=0 #use ab-initio predictions in maker_gff: 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">other_pass=0 #passthrough anyything else in maker_gff: 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56);min-height:13px">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">#-----EST Evidence (for best results provide a file for at least one)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">est= #set of ESTs or assembled mRNA-seq in fasta format</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">altest= #EST/cDNA sequence file in fasta format from an alternate organism</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">est_gff= #aligned ESTs or mRNA-seq from an external GFF3 file</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">altest_gff= #aligned ESTs from a closly relate species in GFF3 format</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56);min-height:13px">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">#-----Protein Homology Evidence (for best results provide a file for at least one)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">protein=/work/Geomicrobiology/msobol/IODP_329_SPG/uniprot_sprot.fasta  #protein sequence file in fasta format (i.e. from mutiple oransisms)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">protein_gff=  #aligned protein homology evidence from an external GFF3 file</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56);min-height:13px">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">#-----Repeat Masking (leave values blank to skip repeat masking)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">model_org= #select a model organism for RepBase masking in RepeatMasker</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">rmlib= #provide an organism specific repeat library in fasta format for RepeatMasker</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">repeat_protein= #provide a fasta file of transposable element proteins for RepeatRunner</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">rm_gff= #pre-identified repeat elements from an external GFF3 file</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">prok_rm=0 #forces MAKER to repeatmask prokaryotes (no reason to change this), 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">softmask=0 #use soft-masking rather than hard-masking in BLAST (i.e. seg and dust filtering)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56);min-height:13px">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">#-----Gene Prediction</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">snaphmm= #SNAP HMM file</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">gmhmm=/home/msobol/genemark/68D_2/output/gmhmm.mod #GeneMark HMM file</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">augustus_species=1368D_uni #Augustus gene prediction species model</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">fgenesh_par_file= #FGENESH parameter file</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">pred_gff= #ab-initio predictions from an external GFF3 file</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">model_gff= #annotated gene models from an external GFF3 file (annotation pass-through)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">est2genome=0 #infer gene predictions directly from ESTs, 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">protein2genome=1 #infer predictions from protein homology, 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">trna=0 #find tRNAs with tRNAscan, 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">snoscan_rrna= #rRNA file to have Snoscan find snoRNAs</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">unmask=0 #also run ab-initio prediction programs on unmasked sequence, 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56);min-height:13px">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">#-----Other Annotation Feature Types (features MAKER doesn't recognize)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">other_gff= #extra features to pass-through to final MAKER generated GFF3 file</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56);min-height:13px">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">#-----External Application Behavior Options</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">alt_peptide=C #amino acid used to replace non-standard amino acids in BLAST databases</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">cpus=1 #max number of cpus to use in BLAST and RepeatMasker (not for MPI, leave 1 when using MPI)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56);min-height:13px">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">#-----MAKER Behavior Options</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">max_dna_len=100000 #length for dividing up contigs into chunks (increases/decreases memory usage)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">min_contig=1 #skip genome contigs below this length (under 10kb are often useless)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56);min-height:13px">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">pred_flank=200 #flank for extending evidence clusters sent to gene predictors</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">pred_stats=1 #report AED and QI statistics for all predictions as well as models</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">AED_threshold=1 #Maximum Annotation Edit Distance allowed (bound by 0 and 1)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">min_protein=0 #require at least this many amino acids in predicted proteins</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">alt_splice=0 #Take extra steps to try and find alternative splicing, 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">always_complete=0 #extra steps to force start and stop codons, 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">map_forward=0 #map names and attributes forward from old GFF3 genes, 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">keep_preds=1 #Concordance threshold to add unsupported gene prediction (bound by 0 and 1)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56);min-height:13px">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">split_hit=10000 #length for the splitting of hits (expected max intron size for evidence alignments)</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">single_exon=1 #consider single exon EST evidence when generating annotations, 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">single_length=250 #min length required for single exon ESTs if 'single_exon is enabled'</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">correct_est_fusion=0 #limits use of ESTs in annotation to avoid fusion genes</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56);min-height:13px">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"></span><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">tries=2 #number of times to try a contig if there is a failure for some reason</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">clean_try=0 #remove all data from previous run before retrying, 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">clean_up=0 #removes theVoid directory with individual analysis files, 1 = yes, 0 = no</span></div>
<div style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(148,55,255);background-color:rgb(16,26,56)">
<span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">TMP= #specify a directory other than the system default temporary directory for temporary files</span></div>
</div>
<div><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><br>
</span></div>
</div>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote>
</div>
<br clear="all">
<br>
-- <br>
<div dir="ltr" class="gmail-m_5939907033713183898gmail-m_5921756504511149049gmail-m_-973663850771284679x_gmail-m_1929135368719960229gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br>
<i>Research Associate</i><br>
NSW Systems Biology Initiative<br>
School of Biotechnology and Biomolecular Sciences<br>
The University of New South Wales<br>
Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail-m_5939907033713183898gmail-m_5921756504511149049gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>NSW Systems Biology Initiative<br>School of Biotechnology and Biomolecular Sciences<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>