<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi, Carson<div><br></div><div>I have been getting this error with fgenesh tool within MAKER. It runs ok with most of the assembly contigs but seems to fail on one contig or part of the contig with the below error</div><div><br></div><div>Widget::fgenesh:</div><div>/mnt/grid/ware/hpc/home/data/mcampbel/applications/maker/bin/../lib/Widget/fgenesh/fgenesh_wrap /mnt/grid/ware/hpc_norepl/data/data/programs/fgenesh_v8/fgenesh_suite_v8.0.0a/fgenesh /sonas-hs/ware/hpc_norepl/data/programs/fgenesh_v8/fgenesh_suite_v8.0.0a/Zeamays.mpar.dat.new /tmp/uge/53139300.1.primary.q/maker_j3ttxX/6/6_1.600610-613023.Zeamays.mpar.dat.new.auto_annotator.fgenesh.fasta -exon_table:/tmp/uge/53139300.1.primary.q/maker_j3ttxX/6/6_1.600610-613023.Zeamays.mpar.dat.new.auto_annotator.xdef.fgenesh > /tmp/uge/53139300.1.primary.q/maker_j3ttxX/6/6_1.600610-613023.Zeamays.mpar.dat.new.auto_annotator.fgenesh</div><div>#-------------------------------#</div><div> ...processing 9 of 24</div><div> ...processing 8 of 28</div><div> ...processing 10 of 24</div><div> ...processing 9 of 28</div><div> ...processing 11 of 24</div><div> ...processing 10 of 28</div><div> ...processing 12 of 24</div><div> ...processing 11 of 28</div><div>deleted:0 genes</div><div>ERROR: FgenesH failed</div><div>--> rank=14, hostname=bnbcompute50</div><div>ERROR: Failed while annotating transcripts</div><div>ERROR: Chunk failed at level:1, tier_type:4</div><div>FAILED CONTIG:Super-Scaffold_14.2_contig2</div><div><br></div><div>I updated the perl module <a href="http://fgenesh.pm">fgenesh.pm</a> as suggested in the previous threads. Attached are the  maker_opts.ctl and STDERR log file.</div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Kapeel</div><div><br></div><div> </div><div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><font face="'courier new', monospace"><b><div><br></div><div>Kapeel Chougule<br></div>Computational Scientist<font face="'courier new', monospace"> Developer II<br></font></b></font><font face="'courier new', monospace"><b><font face="'courier new', monospace">One Bungtown Road  Cold Spring Harbor, NY 11724<br><font face="'courier new', monospace"><a href="http://www.warelab.org/" target="_blank">http://www.warelab.org/</a></font><br><br></font></b></font></div></div></div></div></div></div>