<div dir="rtl"><div style="" dir="ltr">Dear MAKER users,</div><div style="" dir="ltr"><br></div><div style="" dir="ltr">After completing a MAKER run, I looked at the protein fasta files that MAKER outputs and noticed that a small fraction of the sequences include X characters, indicating unknown amino acids. I was wondering how such sequences are obtained, I mean how come there are unknown amino acids in the prediction? Is this an indication of low-quality predictions?</div><div style="" dir="ltr">Is there any documentation regarding the procedure that generates the protein sequences?</div><div style="" dir="ltr"><br></div><div style="" dir="ltr">Thanks a lot,</div><div style="" dir="ltr">Lior</div></div>