<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Dear MAKER Team,</div><div><br></div><div>I am running MAKER 2.31.10 a 32 core instance. My first pass completed successfully. However, my second pass using SNAP and Augustus trained ab initio gene predictions failed. Here is some example output which illustrates the problem:</div><div><br></div><div>MAKER WARNING: Changes in control files make re-use of all old data impossible</div><div>All old files will be erased before continuing</div><div>processing all repeats</div><div>doing repeat masking</div><div>doing repeat masking</div><div>#---------------------------------------------------------------------</div><div>Now starting the contig!!</div><div>SeqID: scf7180000008677_pilon_pilon</div><div>Length: 49996</div><div>#---------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>doing repeat masking</div><div>preparing ab-inits</div><div>running  snap.</div><div>#--------- command -------------#</div><div>Widget::snap:</div><div>/usr/bin/snap /root/tuna-round-2/genome.maker.output/snap/round1/genome.hmm /tmp/maker_8RuX8Z/scf718</div><div>0000006915_pilon_pilon.abinit_masked.0 > /tmp/maker_8RuX8Z/scf7180000006915_pilon_pilon.abinit_maske</div><div>d.0.genome%2Ehmm.snap</div><div>#-------------------------------#</div><div>setting up GFF3 output and fasta chunks</div><div>processing all repeats</div><div>doing repeat masking</div><div>in cluster::shadow_cluster...</div><div>...finished clustering.</div><div>error: unknown command "/root/tuna-round-2/genome.maker.output/snap/round1/genome.hmm", see 'snap help'</div><div>ERROR: Snap failed</div><div>--> rank=21, hostname=localhost</div><div>ERROR: Failed while preparing ab-inits</div><div>ERROR: Chunk failed at level:0, tier_type:2</div><div>FAILED CONTIG:scf7180000007575_pilon_pilon</div><div><br></div><div>I confirmed that the path to genome.hmm is correct. In addition, run.log contains the following kind of output:</div><div><br></div><div>STARTED<span style="white-space:pre">     </span>genome.maker.output/genome_datastore/00/6E/scf7180000008677_pilon_pilon//theVoid.scf7180000008677_pilon_pilon/scf7180000008677_pilon_pilon.abinit_m</div><div>asked.0.genome%2Ehmm.snap<span style="white-space:pre">  </span></div><div>DIED<span style="white-space:pre">  </span>RANK<span style="white-space:pre"> </span>30:4:0:0</div><div>DIED<span style="white-space:pre">  </span>COUNT<span style="white-space:pre">        </span>2</div><div>DIED<span style="white-space:pre"> </span>RANK<span style="white-space:pre"> </span>30</div><div>DIED<span style="white-space:pre">        </span>COUNT<span style="white-space:pre">        </span>2</div><div><br></div><div>How can I resolve this issue?</div><div><br></div><div>Also, is the warning about it being impossible to use the old data to be expected?</div><div><br></div><div>Attached files:</div><div>- maker_otps1.ctl: first pass control file </div><div>- maker_opts2.ctl: second pass control file </div><div>- run.log: log file for an example contig</div><div><br></div><div>Thanks in Advance,</div><div><br></div><div>Paul Sheridan</div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr">CSO at Tupac Bio<div>Email: paul@tupac.bio</div><div>Homepage: <a href="http://www.paulsheridan.net" target="_blank">www.paulsheridan.net</a></div><div>Mobile: +81 80 7889 0859</div></div></div></div></div>