<div dir="ltr">If you train SNAP, the maker2zff script has internal quality cutoffs based on the existence of evidence. e.g. by default it will require having some EST evidence<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, 8 Apr 2019 at 11:32, Carson Holt <<a href="mailto:carsonhh@gmail.com">carsonhh@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">That’s interesting. It could be a handful of internal filters that help with spurious results.<br>
<br>
I use a 0.5 sensitivity/specificity to identify shared edges for a jaccardian split on overlapping evidence clusters for example. There are also a couple of places where if the only thing supporting a model is a single exon blastx hit (i.e. no exonerate, ab initio model, or est splice support, but just a chunk od single exon blastx) then maker will use a reading frame aware AED value of 0.5 as a filter (as in it checks if the reading frame matches and not just raw overlap). If that’s the case, the spike near 0.5 may indicate I needed to be a little strickter than my empirical cutoff estimate. Perhaps 0.4 or 0.45 would be the better cuttoff for these spurious blastx induced models.<br>
<br>
—Carson<br>
<br>
<br>
> On Apr 7, 2019, at 7:25 AM, Lior Glick <<a href="mailto:liorglic@mail.tau.ac.il" target="_blank">liorglic@mail.tau.ac.il</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi MAKER users,<br>
> Lately I've been performing annotations for multiple genomes from the same species.<br>
> When plotting the histogram of AED scores over all genes, I repeatedly see a very specific pattern, that looks something like this:<br>
> <AED_hist.png><br>
> This pattern is a bit surprising to me, in two aspects:<br>
> 1) Why is there a surge towards 0.5?<br>
> 2) Why is there a sudden drop right after that surge?<br>
> <br>
> Has anyone else seen this, or is this a specific outcome of my data/configuration?<br>
> Any ideas of what may cause such a distribution?<br>
> <br>
> While this is not necessarily an indication of a problem or bug, it does seem a bit odd, and  might imply some bias or artifact.<br>
> Would appreciate your comments.<br>
> Thank you!<br>
> _______________________________________________<br>
> maker-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
> <a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>NSW Systems Biology Initiative<br>School of Biotechnology and Biomolecular Sciences<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>