<div dir="ltr"><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px">Hi,</div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px">I am running a genome annotation in MAKER2 in which I completed the evidence round of maker and got a GFF3 file as output.</div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px">I used the GFF3 file from the first maker run to train the SNAP in which it is showing me the error as this.</div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px"><img src="https://groups.google.com/group/snap-user/attach/7e794dc33147c/Auto%20Generated%20Inline%20Image%201?part=0.1&view=1&authuser=0" style="margin: 0px; padding: 0px; border: 0px;"></div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px">All the gene models are showing errors. I checked with NCBI provided GFF3 file also to train SNAP but I ended up in same error telling that all gene models as error.</div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px"><br></div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px">**********Command Used*****************</div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px">> maker2zff genome.all.gff</div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px">> fathom -validate geneome.ann genome.dna > snap_validate.output.txt</div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px">Can anyone please help me to solve this problem...</div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px">Thanks in advance. </div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px"><br></div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px">In addition to that I can't able to post the query in maker-devel google group</div><div style="margin:0px;padding:0px;border:0px;font-size:13px"><div><img src="cid:ii_jwt1px0x0" alt="image.png" width="542" height="192"><br></div></div><div>Please let me know what to do...</div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Thanks and Regards,</div><div>Preethiba G<br></div></div></div></div>