<div dir="ltr"><div>Hi Yuna,</div><div>adding to Carson's answer, check the output of maker2zff. If you don't have RNAseq data or any other high-quality evidences for annotation, chances are that the default parameters of maker2zff are too strict and are producing empty output files.</div><div>Check the maker2zff --help and adjust the options as needed. In "worst case scenario" you may need to run it with "-n", which has no filtering at all in regards about which genes from the gff file to select.</div><div>Cheers,</div><div>Xabi<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, 26 Jun 2019 at 07:17, Carson Holt <<a href="mailto:carsonhh@gmail.com">carsonhh@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">It dies trying to read SNAP’s result file. Check earlier in the log to see if there are any other errors. If not, run maker without MPI on a single CPU. You should be able to copy the command MAKER is using to call SNAP right before the failure. You can try running it outside of MAKER. My guess is there is a problem with SNAP failing and leaving a truncated report, or something in wrong with the training file SNAP is using.<br>
<br>
—Carson<br>
<br>
<br>
> On Jun 25, 2019, at 7:54 AM, Yuna <<a href="mailto:yuna.seagullbande@gmail.com" target="_blank">yuna.seagullbande@gmail.com</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi,<br>
> <br>
> I ran MAKER successfully to generate data for training SNAP. However, now I want to run the training round with MAKER (run MAKER with the hmm file), but MAKER fails for every contig it processed till now. The "evidence_3.gff.ann" and "evidence_3.gff.def" files are empty (except the gff header line) and the error massage is attached below. I can not figure out what the problem is.<br>
> <br>
> I  appreciate any help. Thank you!<br>
> <br>
> Log:<br>
> gathering ab-init output files<br>
> <br>
> deleted:0 genes<br>
> substr outside of string at /usr/share/perl5/vendor_perl/Carp.pm line 346.<br>
> <br>
> ------------- EXCEPTION: Bio::Root::Exception -------------<br>
> MSG: Calling translate without a seq argument!<br>
> STACK: Error::throw<br>
> STACK: Bio::Root::Root::throw /vol/perl/v5.28.1/lib/perl5/Bio/Root/Root.pm:447<br>
> STACK: Bio::Tools::CodonTable::translate /vol/perl/v5.28.1/lib/perl5/Bio/Tools/CodonTable.pm:419<br>
> STACK: CGL::TranslationMachine::longest_translation_plus_stop /vol/biotools/lib/maker-2.31.10/bin/../lib/CGL/TranslationMachine.pm:280<br>
> STACK: maker::auto_annotator::get_translation_seq /vol/biotools/lib/maker-2.31.10/bin/../lib/maker/<a href="http://auto_annotator.pm:3236" rel="noreferrer" target="_blank">auto_annotator.pm:3236</a><br>
> STACK: Widget::snap::load_phat_hits /vol/biotools/lib/maker-2.31.10/bin/../lib/Widget/<a href="http://snap.pm:974" rel="noreferrer" target="_blank">snap.pm:974</a><br>
> STACK: Widget::snap::parse /vol/biotools/lib/maker-2.31.10/bin/../lib/Widget/<a href="http://snap.pm:690" rel="noreferrer" target="_blank">snap.pm:690</a><br>
> STACK: GI::parse_abinit_file /vol/biotools/lib/maker-2.31.10/bin/../lib/GI.pm:1194<br>
> STACK: Process::MpiChunk::_go /vol/biotools/lib/maker-2.31.10/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm:1469<br>
> STACK: Process::MpiChunk::run /vol/biotools/lib/maker-2.31.10/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm:341<br>
> STACK: Process::MpiChunk::run_all /vol/biotools/lib/maker-2.31.10/bin/../lib/Process/MpiChunk.pm:357<br>
> STACK: Process::MpiTiers::run_all /vol/biotools/lib/maker-2.31.10/bin/../lib/Process/MpiTiers.pm:287<br>
> STACK: Process::MpiTiers::run_all /vol/biotools/lib/maker-2.31.10/bin/../lib/Process/MpiTiers.pm:287<br>
> STACK: /vol/biotools/lib/maker-2.31.10/bin/maker:686<br>
> -----------------------------------------------------------<br>
> --> rank=NA, hostname=snorf<br>
> ERROR: Failed while gathering ab-init output files<br>
> ERROR: Chunk failed at level:1, tier_type:2<br>
> FAILED CONTIG:chr1<br>
> <br>
> ERROR: Chunk failed at level:4, tier_type:0<br>
> FAILED CONTIG:chr1<br>
> <br>
> examining contents of the fasta file and run log<br>
> <br>
> <br>
> _______________________________________________<br>
> maker-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
> <a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
maker-devel mailing list<br>
<a href="mailto:maker-devel@box290.bluehost.com" target="_blank">maker-devel@box290.bluehost.com</a><br>
<a href="http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org" rel="noreferrer" target="_blank">http://box290.bluehost.com/mailman/listinfo/maker-devel_yandell-lab.org</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Xabier Vázquez-Campos, <i>PhD</i><br><i>Research Associate</i><br>NSW Systems Biology Initiative<br>School of Biotechnology and Biomolecular Sciences<br>
The University of New South Wales<br>Sydney NSW 2052 AUSTRALIA<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>