<div dir="ltr"><div>Good afternoon!</div><div><br></div><div>I just finished my third round of maker. I trained snap, augustus, etc. between the rounds. I used fasta_merge and gff3_merge to extract files after each round of maker. gff3_merge performed as expected each time, but fasta_merge surprised me. I will show you which files fasta_merge generated after each round. Please note that, as many people do, I renamed my output files from the default. Accordingly, I will list all the files with a generalized prefix of "maker" and show the rest of the file name as it was generated for me. Also note that I've changed .fasta to .fa for brevity.</div><div><br></div><div>After round #1:</div><div>transcripts.fa</div><div>proteins.fa</div><div><br></div><div>After round #2:</div><div>non_overlapping_ab_initio.proteins.fa<br>non_overlapping_ab_initio.transcripts.fa<br>transcripts.fa<br>augustus_masked.proteins.fa<br>augustus_masked.transcripts.fa<br>evm.proteins.fa<br>evm.transcripts.fa<br>genemark.proteins.fa<br>genemark.transcripts.fa<br>snap_masked.proteins.fa<br>snap_masked.transcripts.fa<br>proteins.fa</div><div><br></div><div>After round #3:</div><div>non_overlapping_ab_initio.proteins.fa<br>non_overlapping_ab_initio.transcripts.fa<br>augustus_masked.proteins.fa<br>augustus_masked.transcripts.fa<br>genemark.proteins.fa<br>genemark.transcripts.fa<br>snap_masked.proteins.fa<br>snap_masked.transcripts.fa</div><div><br></div><div>I am unsurprised that I didn't get all these files after round #1 because I used round #1 to generate gene models from transcript evidence. I didn't expect so many files after round #2 (having only seen the output from round #1 up to that point), but it makes sense that I would get output from augustus, evidence modeler (evm), genemark, and snap since I provided them as input to this round (#2) of maker. Between rounds #2 and #3, I re-trained snap and augustus. Genemark was trained between rounds #1 and #2 without gene models from maker and thus did not require re-training. The only difference in my maker control files between rounds #2 and #3 were the paths to the snap and augustus files. In both #2 and #3, the control files had run_evm=1. I can provide my control files for each round, if needed. <b>My question is why transcripts.fa, proteins.fa, evm.proteins.fa, and evm.transcripts.fa were not generated after round #3? </b>I recognize that this is probably not an error, rather a lack of my understanding of when each file is and is not generated.</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>Brandon Pickett<br></div><br></div>